R语言 affycoretools包 plotPCA()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotPCA(affycoretools)
plotPCA()所属R语言包：affycoretools

                                        A Function to Make a PCA Plot from an ExpressionSet
                                         一个功能，使PCA的图从一个ExpressionSet

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function makes a PCA plot from an ExpressionSet or matrix
此功能使一个ExpressionSet或矩阵的PCA图


用法----------Usage----------


plotPCA(object, groups = NULL, groupnames = NULL, addtext = NULL, x.coord = NULL,
y.coord = NULL, screeplot = FALSE, squarepca = FALSE, pch = NULL, col =
NULL, pcs = c(1,2), legend = TRUE, main = "Principal Components Plot",
plot3d = FALSE,  ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An ExpressionSet, matrix or prcomp object.
ExpressionSet，matrix或prcomp对象。


参数：groups
A numeric vector delineating group membership for samples. Default is NULL, in which case default plotting symbols and colors will be used.
数值vector时势所趋样品组成员。默认值为NULL，在这种情况下默认绘制的符号和颜色将使用。


参数：groupnames
A character vector describing the different groups. Default is NULL, in which case the sample names will be used.
一个字符vector描述了不同的群体。默认是NULL，在这种情况下，样品名称将使用。


参数：addtext
A character vector of additional text to be placed just above the plotting symbol for each sample. This is helpful if there are a lot of samples for identifying e.g., outliers.
一个字符vector额外的文字要放在上面每个样品绘制符号。例如，离群确定是否有大量的样品，这是有益的。


参数：x.coord
Pass an x-coordinate if automatic legend placement fails
如果自动传说安置失败，通过x坐标


参数：y.coord
Pass a y-coordinate if automatic legend placement fails.
传递一个y坐标，如果自动传说安置失败。


参数：screeplot
Boolean: Plot a screeplot instead of a PCA plot? Defaults to FALSE.
布尔型：图screeplot PCA的图，而不是一个？ FALSE默认。


参数：squarepca
Should the y-axis of the PCA plot be made comparable to the x-axis? This may aid in interpretation of the PCA plot. Defaults to FALSE.
应的PCA图的Y轴与x轴？这可能有助于解释PCA的图。 FALSE默认。


参数：pch
A numeric vector indicating what plotting symbols to use. Default is NULL, in which case default plotting symbols will be used. Note that this argument will override the 'groups' argument.
一个数字vector说明使用什么绘图符号。默认值为NULL，在这种情况下默认绘图符号将使用。请注意，此参数将覆盖团体的说法。


参数：col
A numeric or character vector indicating what color(s) to use for the plotting symbols. Default is NULL in which case default colors will be used. Note that this argument will override the 'groups' argument.
一个数字或字符vector说明什么颜色（S）使用图形符号。默认是NULL在这种情况下，默认的颜色将用于。请注意，此参数将覆盖团体的说法。


参数：pcs
A character vector of length two (or three if plot3d is TRUE), indicating which principal components to plot. Defaults to the first two principal components.
一个字符vector长度为两个（或三个如果plot3d是TRUE），表明这对图的主要组成部分。前两个主要组件的默认。


参数：legend
Boolean. Should a legend be added to the plot? Defaults to TRUE.
布尔值。应该被添加到一个传奇的图？ TRUE默认。


参数：main
A character vector for the plot title.
字符vector图的标题。


参数：plot3d
Boolean. If TRUE, then the PCA plot will be rendered in 3D using the rgl package. Defaults to FALSE. Note that the pcs argument should have a length of three in this case.
布尔值。如果TRUE，然后PCA的图将呈现在3D使用RGL包。 FALSE默认。需要注意的是件参数，在这种情况下，应该有三个长度。


参数：...
Further arguments to be passed to plot. See the help page for plot for further information.
进一步的参数被传递到plot。 plot进一步信息，请参阅帮助页面。


值----------Value----------

This function returns nothing. It is called only for the side effect of producing a PCA plot or screeplot.
这个函数返回什么。它被称为唯一生产PCA图或screeplot的的副作用。


作者（S）----------Author(s)----------


James W. MacDonald <jmacdon@med.umich.edu>



举例----------Examples----------


library("affy")
data(sample.ExpressionSet)
plotPCA(sample.ExpressionSet, groups =
as.numeric(pData(sample.ExpressionSet)[,2]), groupnames =
levels(pData(sample.ExpressionSet)[,2]))

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