limma2annaffy(affycoretools)
limma2annaffy()所属R语言包：affycoretools
Function to Create HTML Tables from limma Objects
功能limma对象创建HTML表格
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function is designed to take an ExpressionSet and an lmFit, model.matrix, and contrast object from limma and convert into HTML tables using annaffy. The alternate function limma2annaffy.na is designed to be run without user intervention.
此功能设计采取ExpressionSet和lmFit，model.matrix，对比从limma的对象，并转换成HTML表格使用annaffy。备用功能limma2annaffy.na被设计成无需用户干预的情况下运行。
用法----------Usage----------
limma2annaffy(eset, fit, design, contrast, lib, adjust = "fdr",
anncols = aaf.handler()[c(1:3, 6:7, 9:12)], number = 30, pfilt = NULL,
fldfilt= NULL,tstat = TRUE, pval = TRUE, FC = TRUE,
expression = TRUE, html = TRUE, text = FALSE, save = FALSE, addname =
NULL, interactive = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：eset
An ExpressionSet containing affymetrix expression values.
ExpressionSet含Affymetrix的表达值。
参数：fit
An lmFit object.
lmFit对象。
参数：design
A model.matrix object.
一个model.matrix对象。
参数：contrast
A contrasts matrix from limma.
一个对比，从limma矩阵。
参数：lib
An annotation package for the Affy chips used.
一个用于Affy芯片注解包。
参数：adjust
Multiplicity adjustment. Choices are "fdr","holm","hommel","bonferroni", or "none". Partial matching allowed.
多重调整。选择是“FDR”，“冬青”，“HOMMEL”，“邦弗朗尼”，或“无”。允许部分匹配。
参数：anncols
A vector of things to annotate, produced by a call to aaf.handler().
一个向量，注释，以调用aaf.handler（）产生的东西。
参数：number
Number of genes to output to table. See details for more information.
输出表的基因数目。详情请参阅更多信息。
参数：pfilt
A p-value to filter output. See details for more information.
p值来过滤输出。详情请参阅更多信息。
参数：fldfilt
A fold change to filter output. See details for more information.
倍数滤波器输出的变化。详情请参阅更多信息。
参数：tstat
Boolean: Output t-statistics in table? Defaults to FALSE.
布尔：表中的t-统计量的输出？ FALSE默认。
参数：pval
Boolean: Output (adjusted) p-values in table? Defaults to FALSE.
布尔型：输出（调整）表中的p值吗？ FALSE默认。
参数：FC
Boolean: Output fold changes in table? Defaults to FALSE.
布尔：表中的输出倍的变化？ FALSE默认。
参数：expression
Boolean: Output expression values in table? Defaults to TRUE.
布尔：表中的输出表达式的值吗？ TRUE默认。
参数：html
Boolean: Output data in HTML tables? Defaults to TRUE.
布尔：HTML表格输出数据？ TRUE默认。
参数：text
Boolean: Output data in text tables? Defaults to TRUE.
布尔：文字表格输出数据？ TRUE默认。
参数：save
Boolean: Save tables as R objects for further processing? Defaults to FALSE.
布尔：R对象的表作进一步处理？ FALSE默认。
参数：addname
A character vector to add to the end of the automatically generated output file names. Useful for multiple calls to eliminate over-writing of existing HTML or text tables.
字符向量添加到自动生成的输出文件名的末尾。多个检测，以消除现有的HTML或文本表写作有用。
参数：interactive
Boolean: Is this an interactive call, or run as part of a script (e.g., in an Sweave document)? Defaults to TRUE
布尔：这是一个互动的呼叫，或作为脚本的一部分运行（例如，在一个Sweave文件）？ TRUE默认
Details
详情----------Details----------
This function is designed to automatically output HTML or text tables, with filenames taken from the column names of the contrast matrix. The number of genes output can be controlled several different ways. First, if pfilt and fldfilt are both NULL, the top genes will be output based on the number variable. Otherwise, the genes are filtered based on p-value, fold change, or both. If the genes are filtered this way, the number of genes to be output will be listed and the filter(s) can then be adjusted if necessary.
此功能设计的自动输出HTML或文本表的对比矩阵的列名的文件名。几种不同的方式，可以控制输出的基因数目。首先，，如果pfilt和fldfilt都NULL，顶部的基因将是基于number变量输出。否则，基因筛选的基础上p值，倍数变化，或两者兼而有之。如果这样的基因筛选，基因的数量输出将列出并过滤器（S）然后如果有必要进行调整。
This function currently only supports Affymetrix data.
此功能目前仅支持Affymetrix数据。
值----------Value----------
If save is TRUE, a list of tables from topTable will be output.
save如果是TRUE从表列表topTable将输出。
作者（S）----------Author(s)----------
James W. MacDonald <jmacdon@med.umich.edu>
参见----------See Also----------
topTable,
topTable
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 11:13:21
