R语言 rtfbs包 ms()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

ms(rtfbs)
ms()所属R语言包：rtfbs

                                        Multiple Sequence (MS) Objects
                                         多序列对象（MS）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Creates a new Multiple Sequences (MS) object to hold given sequences.
创建一个新的多序列比对（MS）对象来保存给定序列。


用法----------Usage----------


  ms(seqs, names = NULL, offsets = NULL,
    pointer.only = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：seqs
A character vector containing sequences, one per sample
一个字符向量序列，每一个样品


参数：names
A character vector identifying the sample name for each sequence.  If NULL, use "seq1", "seq2", ...
字符向量确定每个序列的文件名了。如果NULL，使用“SEQ1”，“SEQ2”，...


参数：offsets
List of integers giving the offset for each sequences from the start of its unsplit sequence. If NULL, offsets of zero are assumed for each sequence.
给出了偏移从一开始其未拆分的序列的每个序列的整数的列表。如果NULL，每个序列的偏移量为零的假设。


参数：pointer.only
a boolean indicating whether returned alignment object should be stored by reference (see Details)
一个布尔值，指示是否返回的路线对象应存储的参考（见详情）


Details

详细信息----------Details----------

Make a new multiple sequence (MS) object given a vector of character strings.  They can be optionally annotated with sample names.
创建一个新的多序列（MS）对象给出一个字符串向量。他们可以选择注明样品名称。

The number of elements in names (if provided) must match the number of elements in seqs.
名称（如果提供的话）的元素数必须匹配的数目元素seqs。

An alphabet (valid non-missing characters) of "ACGT" is automatically assumed for all sequences that RTFBS operates on.
（有效的非缺失字符）“ACGT”的一个字母被自动假定所有序列，RTFBS操作。

About storing objects as pointers: If pointer.only==FALSE, the MS object will be stored in R and can be viewed and modified by base R code as well as RTFBS functions. Setting pointer.only=TRUE will cause the object to be stored by reference, as an external pointer to an object created by C code.  This may be necessary to improve performance, but the object can then only be viewed/manipulated via RTFBS functions. Furthermore, if an object is stored as a pointer, then its value is liable to be changed when passed as an argument to a function.
关于存储对象指针：如果pointer.only==FALSE，MS对象将被存储在R和碱基ŕ代码以及RTFBS的的功能，可以查看和修改。设置pointer.only=TRUE将导致对象被存储的参考，作为外部用C代码中创建的对象的指针。这可能是必要的，以提高性能，但对象可以被视为/ RTFBS功能通过操纵。此外，如果一个对象被存储为一个指针，那么它的价值是作为函数的参数传递时，可能会被改变。


值----------Value----------

An ms object.  These are stored in an array-like format, so that they can be subsetted with the [] operator.
一个MS的对象。这些被存储在一个类似数组的格式，从而使它们可以被子集与[]操作符。


（作者）----------Author(s)----------



Nick Peterson




参见----------See Also----------

Functions for accessing/viewing ms objects: sequences.ms, offsets.ms,   length.ms, lengths.ms, names.ms,   print.ms, write.ms, [.ms,   as.pointer.ms, from.pointer.ms,   is.pointer.ms
为访问/查看毫秒对象的功能：sequences.ms, offsets.ms,   length.ms, lengths.ms, names.ms,   print.ms, write.ms, [.ms,   as.pointer.ms, from.pointer.ms,   is.pointer.ms

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