R语言 affycoretools包 affystart()函数中文帮助文档(中英文对照)

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affystart(affycoretools)
affystart()所属R语言包：affycoretools

                                        Pre-processing for Affymetrix Data
                                         Affymetrix数据前处理

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is designed to automatically read in all cel files in a directory, make all pre-processing QC plots and compute expression measures.
此功能设计自动读取CEL目录中的所有文件，使所有前处理的质量控制图和计算表达式措施。


用法----------Usage----------


affystart(..., filenames=NULL, groups = NULL, groupnames = NULL, plot =
TRUE, pca = TRUE,  squarepca = FALSE, plottype="pdf", express = c("rma",
"mas5", "gcrma"), addname = NULL, output = "txt", annotate =
FALSE, ann.vec =  c("SYMBOL","GENENAME","ENTREZID","UNIGENE","REFSEQ"))



参数----------Arguments----------

参数：...
Requires that all variables be named.
要求被命名为所有变量。


参数：filenames
If not all cel files in a directory will be used, pass a vector of filenames.
如果没有一个目录中的所有CEL文件将被使用，通过文件名的向量。


参数：groups
An integer vector indicating the group assignments for the PCA plot.
整数vector表明PCA的图组分配。


参数：groupnames
A character vector with group names for PCA legend.
字符vector传说中的PCA组名称。


参数：plottype
What type of plot to save. Can be "pdf","postscript", "png","jpeg", or "bmp". Defaults to "pdf". Note that "png" and "jpeg" may not be available on a given computer. See the help page for capabilities and  png for more information.
保存什么类型的图。可以是“PDF”，“后记”，“PNG”，“JPEG”，或“BMP”。默认为“PDF”。请注意，“PNG”和“JPEG”未必是一个给定的计算机上。 capabilities和png更多信息，请参阅帮助页面。


参数：plot
Should density and degradation plots be made? Defaults to TRUE.
应进行密度和退化的图？ TRUE默认。


参数：pca
Should a PCA plot be made? Defaults to TRUE.  
如果PCA的图？ TRUE默认。


参数：squarepca
Should the y-axis of the PCA plot be made comparable to the x-axis? This may aid in interpretation of the PCA plot.  Defaults to FALSE.
应的PCA图的Y轴与x轴？这可能有助于解释PCA的图。 FALSE默认。


参数：express
One of either rma, mas5, gcrma. Defaults to rma. Partial matching OK.
任RMA，mas5，gcrma。 RMA默认。部分匹配确定。


参数：addname
Used to append something to the name of the pca plot and the expression values output file (e.g., if function is run twice using different methods to compute expression values).
用于追加的东西到的PCA图的名称和表达式的值输出文件（例如，如果函数运行两次，用不同的方法来计算表达式的值）。


参数：output
What format to use for the output of expression values. Currently only supports text format.
什么格式用于输出表达式的值。目前只支持文本格式。


参数：annotate
Boolean. Add annotation data to the output file?
布尔值。添加到输出文件中的注释数据？


参数：ann.vec
A character vector of annotation data to add to the output file.
一个字符vector注释添加到输出文件中的数据。


值----------Value----------

Returns an ExpressionSet.
返回ExpressionSet。


作者（S）----------Author(s)----------


James W. MacDonald <jmacdon@med.umich.edu>



参见----------See Also----------

plotHist, plotDeg, plotPCA
plotHist，plotDeg，plotPCA

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