updateCel(affxparser)
updateCel()所属R语言包：affxparser
Updates a CEL file
更新CEL文件的
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Updates a CEL file.
更新CEL文件。
用法----------Usage----------
updateCel(filename, indices=NULL, intensities=NULL, stdvs=NULL, pixels=NULL, writeMap=NULL, ..., verbose=0)
参数----------Arguments----------
参数：filename
The filename of the CEL file.
为CEL文件的文件名。
参数：indices
A numeric vector of cell (probe) indices specifying which cells to updated. If NULL, all indices are considered.
指定一个numericvector单元（探针）指数，单元更新的。如果NULL，所有指数被视为。
参数：intensities
A numeric vector of intensity values to be stored. Alternatively, it can also be a named data.frame or matrix (or list) where the named columns (elements) are the fields to be updated.
一个numericvector强度值被存储。另外，它也可以是一个名为data.frame或matrix（或list）命名的列（元素）是要更新的领域。
参数：stdvs
A optional numeric vector.
一个可选的numericvector。
参数：pixels
A optional numeric vector.
一个可选的numericvector。
参数：writeMap
An optional write map.
一个可选的写入图。
参数：...
Not used.
不使用。
参数：verbose
An integer specifying how much verbose details are outputted.
integer指定输出多少详细细节。
Details
详情----------Details----------
Currently only binary (v4) CEL files are supported. The current version of the method does not make use of the Fusion SDK, but its own code to navigate and update the CEL file.
目前只有二进制（V4）CEL文件的支持。当前版本的方法不使用的融合SDK，但它自己的代码导航和更新为CEL文件。
值----------Value----------
Returns (invisibly) the pathname of the file updated.
返回更新后的文件的路径（不可见）。
作者（S）----------Author(s)----------
Henrik Bengtsson (<a href="http://www.braju.com/R/">http://www.braju.com/R/</a>)
举例----------Examples----------
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if (require("AffymetrixDataTestFiles")) { # START #[开始＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
# Search for some available Calvin CEL files[搜寻一些可用的卡尔文CEL文件]
path <- system.file("rawData", package="AffymetrixDataTestFiles")
files <- findFiles(pattern="[.](cel|CEL)$", path=path, recursive=TRUE, firstOnly=FALSE)
files <- grep("FusionSDK_HG-U133A", files, value=TRUE)
files <- grep("Calvin", files, value=TRUE)
file <- files[1]
# Convert to an XDA CEL file[转换到XDA为CEL文件]
filename <- file.path(tempdir(), basename(file))
if (file.exists(filename))
file.remove(filename)
convertCel(file, filename)
fields <- c("intensities", "stdvs", "pixels")
# Cells to be updated[要更新的单元]
idxs <- 1:2
# Get CEL header[获取CEL的头]
hdr <- readCelHeader(filename)
# Get the original data[获取原始数据]
cel <- readCel(filename, indices=idxs, readStdvs=TRUE, readPixels=TRUE)
print(cel[fields])
cel0 <- cel
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -[-------------------------------------]
# Square-root the intensities[平方根“的强度]
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -[-------------------------------------]
updateCel(filename, indices=idxs, intensities=sqrt(cel$intensities))
cel <- readCel(filename, indices=idxs, readStdvs=TRUE, readPixels=TRUE)
print(cel[fields])
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -[-------------------------------------]
# Update a few cell values by a data frame[更新一个数据框的几个单元格值]
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -[-------------------------------------]
data <- data.frame(
intensities=cel0$intensities,
stdvs=c(201.1, 3086.1)+0.5,
pixels=c(9,9+1)
)
updateCel(filename, indices=idxs, data)
# Assert correctness of update[断言更新的正确性]
cel <- readCel(filename, indices=idxs, readStdvs=TRUE, readPixels=TRUE)
print(cel[fields])
for (ff in fields) {
# stopifnot(all.equal(cel[[ff]], data[[ff]], .Machine$double.eps^0.25))[stopifnot（all.equal（CEL [FF]，数据[FF]。机$ double.eps ^ 0.25））]
}
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -[-------------------------------------]
# Update a region of the CEL file[更新CEL文件的区域]
# - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -[-------------------------------------]
# Load pre-defined data[载入预定义数据]
side <- 306
pathname <- system.file("extras/easternEgg.gz", package="affxparser")
con <- gzfile(pathname, open="rb")
z <- readBin(con=con, what="integer", size=1, signed=FALSE, n=side^2)
close(con)
z <- matrix(z, nrow=side)
side <- min(hdr$cols - 2*22, side)
z <- as.double(z[1:side,1:side])
x <- matrix(22+0 side-1), nrow=side, ncol=side, byrow=TRUE)
idxs <- as.vector((1 + x) + hdr$cols*t(x))
# Load current data in the same region[当前数据加载在同一区域]
z0 <- readCel(filename, indices=idxs)$intensities
# Mix the two data sets[混合两个数据集]
z <- (0.3*z^2 + 0.7*z0)
# Update the CEL file[更新为CEL文件]
updateCel(filename, indices=idxs, intensities=z)
# Make some spatial changes[使一些空间的变化]
rotate270 <- function(x, ...) {
x <- t(x)
nc <- ncol(x)
if (nc < 2) return(x)
x[,nc:1,drop=FALSE]
}
# Display a spatial image of the updated CEL file[显示空间形象的更新为CEL文件]
cel <- readCelRectangle(filename, xrange=c(0,350), yrange=c(0,350))
z <- rotate270(cel$intensities)
sub <- paste("Chip type:", cel$header$chiptype)
image(z, col=gray.colors(256), axes=FALSE, main=basename(filename), sub=sub)
text(x=0, y=1, labels="(0,0)", adj=c(0,-0.7), cex=0.8, xpd=TRUE)
text(x=1, y=0, labels="(350,350)", adj=c(1,1.2), cex=0.8, xpd=TRUE)
# Clean up[清理]
file.remove(filename)
rm(files, cel, cel0, idxs, data, ff, fields, rotate270)
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
} # STOP #[停止＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 11:08:20
