gcc.hclust(rsgcc)
gcc.hclust()所属R语言包：rsgcc
hierarchical cluster
层次聚类
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Hierarchical cluster analysis of microarrany and RNA-Seq gene expression data with Gini correlation and four other correlation methods.
聚类分析的microarrany和RNA-Seq的基因表达数据与基尼相关性和其他相关方法。
用法----------Usage----------
gcc.hclust(x,
cpus = 1,
cormethod = c("GCC", "PCC", "SCC", "KCC", "BiWt"),
distancemethod = c("Raw", "Abs", "Sqr"),
clustermethod = c("complete", "average", "median",
"centroid", "mcquitty", "single", "ward"))
参数----------Arguments----------
参数：x
a data matrix containing numeric variables, which is the same as the GEMatrix defined in the cor.matrix function.
数据矩阵包含数值变量，这是作为GEMatrix中定义的cor.matrix的函数相同。
参数：cpus
the number of cpus used for computation.
的CPU的数目，用于计算。
参数：cormethod
a character string indicating the correlation method to be used.
一个字符串，表示要使用的相关方法。
参数：distancemethod
a character string specifying the distance method to be used. Currently, three distance methods are available, include: "Raw" (1-cor)", "Abs" (1-|cor|), and "Sqr" (1-|cor|^2).
指定的距离的方法，可以使用一个字符串。目前，有三种不同的距离的方法，包括：“原始”（1-COR）“，”ABS“（1 - | COR |），”SQR“（1 - 肺心病| ^ 2）。
参数：clustermethod
the distance measure to be used. This must be one of "complete", "average", "median", "centroid", "mcquitty", "single", or "ward".
要使用的距离测量。这必须是一个“完成”，“平均”，“中位数”，“质心”，“观测组”，“单”，或“病房”。
Details
详细信息----------Details----------
This function generate the cluster tree with different distance measures for clustering analysis of microarray and RNA-Seq gene expression data by integrating the hclust function of stats package in R (http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/hclust.html). Similar to the hclust, the values output by gccdist can be directly used to plot cluster trees with plot function.
这个函数生成芯片和RNA-Seq的基因表达数据的聚类分析聚类树与不同距离的措施由整合的hclust的功能，统计包在R（http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel /图书馆/统计/ HTML / hclust.html的）。输出的值由gccdist类似的hclust，可以直接用绘图功能绘制聚类的树。
值----------Value----------
A list with the following components:
以下组件列表：
参数：hc
an object describes the tree information produced by the clustering process. This object is also a list with five components: "merge" is a numeric matrix with n-1 rows and 2 columns. n is the number of used individuals (e.g., genes). Row i describes the merging of clusters at step i of the clustering. "order" is a vector giving the order of individuals for tree cluster plotting. "height" is a vector with n-1 numeric values associated with the distance measure for the particular cluster method. "labels" are labels of the individuals being clustered. "method" is the distance measure used for cluster analysis. See details for the description in hclust function of stats package.
对象描述树聚类过程所产生的信息。此对象是同时作为一个与五个组件列表：“合并”是一个数值具有n-1行和第2列的矩阵。 n是数使用的个人（例如，基因）。 i行描述的步骤i的聚类簇的合并。 “订单”是一个向量，树簇绘制的个人发出命令。 “高度”是具有n-1相关的数字值与距离度量的特定聚类方法的向量。 “标签”是聚类的个人标签。 “法”是用于聚类分析的距离测量。查看详细的统计资料包hclust功能的描述。
参数：dist
a data matrix containing the distances between different genes.
含有不同基因之间的距离的一个数据矩阵。
参数：pairmatrix
a data matrix including the correlation between different genes.
包括不同基因之间的相关性的数据矩阵。
（作者）----------Author(s)----------
Chuang Ma, Xiangfeng Wang
实例----------Examples----------
#obtain gene expression data of 10 genes.[获得的10个基因的基因表达数据。]
data(rsgcc)
x <- rnaseq[1:10,]
#hierarchical clustering analysis of these 10 genes with GCC method[这10个基因的聚类分析与GCC方法]
hc <- gcc.hclust(x, cpu=1, cormethod = "GCC",
distancemethod = "Raw", clustermethod = "complete")
#plot cluster tree[图簇树]
plot(hc$hc)
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-9-28 21:53:51
