R语言 rsgcc包 cor.pair()函数中文帮助文档(中英文对照)

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cor.pair(rsgcc)
cor.pair()所属R语言包：rsgcc

                                         compute the correlation between two genes
                                         计算两个基因之间的相关性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function can compute the correlation of a pair of genes with Gini correlation and four other correlation methods. The signficance level (p-value) of computed correlation can be estimated with the permutation test method.
此功能可以计算一对基因的相关性的与基尼相关和四个其他相关方法。可估计的重大意义水平（p值）的计算的相关与置换试验方法。


用法----------Usage----------


cor.pair(idxvec,
      GEMatrix,
      rowORcol = c("row", "col"),
      cormethod = c("GCC", "PCC", "SCC", "KCC", "BiWt"),
      pernum = 0,
      sigmethod = c("two.sided", "one.sided"))



参数----------Arguments----------

参数：idxvec
a numer vector containing two elements for the index of genes or samples in GEMatrix (e.g., c(1,2) ).  
一个大量的向量，包含两个元素的索引或在GEMatrix样品的基因（例如，c（1,2））。


参数：GEMatrix
a data matrix containing numeric variables. Example: rows correspond to genes and columns to samples. This parameter is the same as the "GEMatrix" defined for cor.matrix.  
数据矩阵包含数字的变量。实施例：行对应的样品的基因和列。此参数是作为“GEMatrix的”cor.matrix定义相同。


参数：rowORcol
a character string ("row" or "col") indicating gene expression data will be extracted by rows or columns for correlation calculation. "row": correlation between two genes. "col": correlaiton between two samples.  
字符串（“行”或“中国网络”），表明基因表达数据将被提取的行或列的相关性计算。 “行”：两个基因之间的相关性。 “COL”：correlaiton两个样本之间。


参数：cormethod
a character string that specifies the correlation method to be used for correlation calculation.   
一个字符的字符串，它指定用于相关计算的相关性的方法。


参数：pernum
the number of permutation test used for calcluating statistical significance level (i.e., p-value) of correlations.   
数量的排列的测试，用于calcluating的相关性的统计显着性水平（即，p-值）。


参数：sigmethod
a character string ("two-sided" or "one-sided") specifying the method used to compute p-value for permutation test.  
字符串（“双面”或“一边倒”）指明所采用的方法计算置换检验p值。


值----------Value----------

A list with the following components:
以下组件列表：


参数：gcc.rankx
a Gini correlation produced by using the rank information of the first gene (i.e., the first element in idxvec).
基尼相关使用的第一个基因（即，第一个元素idxvec）的排名信息。


参数：gcc.ranky
a Gini correlation produced by using the rank information of the second gene (i.e., the second element in idxvec).
基尼相关使用的第二个基因（即，第二个元素idxvec）的排名信息。


参数：gcc.rankx.pvalue
p-value of gcc.rankx.
p-值gcc.rankx。


参数：gcc.ranky.pvalue
p-value of gcc.ranky.
p-值gcc.ranky。


参数：cor
the correlation produced by "PCC", "SCC", "KCC" or "BiWt".
相关生产的“宝成”，“南华”，“KCC”或“BiWt”。


参数：pvalue
the p-value of cor.
p值心病。


注意----------Note----------

(1) To perform BiWt, the R package "biwt" should be installed in advance.
（1），要执行BiWt，在R的包“biwt”应提前安装在。

(2) When the cormethod is defined as "GCC", this function will output a list with four numeric elements: gcc.rankx, gcc.ranky, gcc.rankx.pvalue, gcc.ranky.pvalue. Otherwise, it will output a list with two elements (cor and p-value)
（2）当被定义为“GCC”cormethod，这个函数将输出与四个数值的元素：gcc.rankx，gcc.ranky，gcc.rankx.pvalue，gcc.ranky.pvalue的列表。否则，它会输出一个具有两个元素列表（cor和p-值）


（作者）----------Author(s)----------



Chuang Ma, Xiangfeng Wang




参见----------See Also----------

onegcc, cor.matrix, gcc.corfinal.
onegcc，cor.matrix，gcc.corfinal。


实例----------Examples----------



   data(rsgcc)        #load the sample data in rsgcc package[加载rsgcc包中的示例数据]
   x <- rnaseq[1:4,]  #construct a GEMatrix with the RNA-Seq data of the first four genes[构造一个与第一四个基因的RNA-Seq数据GEMatrix]

   #compute correlation between the 1st and 4th genes[计算第1和第4个基因之间的相互关系]
   corpair <- cor.pair(c(1,4), GEMatrix = x, rowORcol = "row",
                       cormethod = "GCC", pernum = 0,
                       sigmethod = "two.sided")  
## Not run: [＃不运行：]
   #compute correlation between the 1st and 4th genes, [计算相关性之间的第一和第四基因，]
   #the p-value of correlation will be estimated with 2,000 permuation test.[的p值的相关性，将被估计与2,000 permuation测试。]
   corpair <- cor.pair(c(1,4), GEMatrix = x, rowORcol = "row",
                       cormethod = "GCC", pernum = 2000,
                       sigmethod = "two.sided")  

   #compute correlation between the 1st and 4th samples[计算之间的关系的第1和第4个样品]
   corpair <- cor.pair(c(1,4), GEMatrix = x, rowORcol = "col",
                       cormethod = "GCC", pernum = 0,
                       sigmethod = "two.sided")  

## End(Not run)[＃（不执行）]

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