R语言 affxparser包 readCelUnits()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readCelUnits(affxparser)
readCelUnits()所属R语言包：affxparser

                                        Reads probe-level data ordered as units (probesets) from one or several Affymetrix CEL files
                                         从一个或几个Affymetrix公司CEL文件读取探针级为单位订购数据（probesets）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads probe-level data ordered as units (probesets) from one or several Affymetrix CEL files by using the unit and group definitions in the corresponding Affymetrix CDF file.
读取的探针级数据从一个或几个Affymetrix公司CEL文件（probesets）的单位责令Affymetrix公司相应的CDF文件中使用的单位和组定义。


用法----------Usage----------


readCelUnits(filenames, units=NULL, stratifyBy=c("nothing", "pmmm", "pm", "mm"), cdf=NULL, ..., addDimnames=FALSE, dropArrayDim=TRUE, transforms=NULL, readMap=NULL, verbose=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：filenames
The filenames of the CEL files.
CEL文件的文件名。


参数：units
An integer vector of unit indices specifying which units to be read.  If NULL, all units are read.
integervector单位指标指定要读取哪个单位。如果NULL，读取各单位。


参数：stratifyBy
Argument passed to low-level method readCdfUnits.
参数传递给低级别的方法readCdfUnits。


参数：cdf
A character filename of a CDF file, or a CDF list structure.  If NULL, the CDF file is searched for by findCdf() first starting from the current directory and then from the directory where the first CEL file is.
一个character一个CDF文件的文件名，或一个CDF list结构。如果NULL，CDF文件中搜索由findCdf（）首先从当前目录开始，然后是第一CEL的文件所在的目录。


参数：...
Arguments passed to low-level method readCel, e.g. readXY and readStdvs.
参数传递给低级别的方法readCel，例如readXY和readStdvs。


参数：addDimnames
If TRUE, dimension names are added to arrays, otherwise not.  The size of the returned CEL structure in bytes increases by 30-40% with dimension names.
如果TRUE，维度名称添加到阵列，否则不是。维度名称，大小，以字节返回CEL的结构增加30-40％。


参数：dropArrayDim
If TRUE and only one array is read, the elements of the group field do not have an array dimension.
如果TRUE“只有一个数组读，组领域的元素没有数组的维数。


参数：transforms
A list of exactly length(filenames) functions.  If NULL, no transformation is performed. Intensities read are passed through the corresponding transform function before being returned.
一个list究竟length(filenames)function的。如果NULL，没有执行转换。强度读通过相应的转换函数返回之前通过。


参数：readMap
A vector remapping cell indices to file indices. If NULL, no mapping is used.
一个vector的重映单元指数提出的指标。如果NULL，没有映射。


参数：verbose
Either a logical, a numeric, or a Verbose object specifying how much verbose/debug information is written to standard output. If a Verbose object, how detailed the information is is specified by the threshold level of the object. If a numeric, the value is used to set the threshold of a new Verbose object. If TRUE, the threshold is set to -1 (minimal). If FALSE, no output is written (and neither is the R.utils package required).  
无论是logical，numeric或Verbose对象指定多少详细/调试信息被写入到标准输出。如果一个冗长的对象，详细的信息如何被指定的对象的阈值水平。如果一个数值，该值用于设置一个新的详细对象的阈值。如果TRUE，阈值设置为-1（最小的）。如果FALSE，没有输出被写入（既不是需要R.utils包）。


值----------Value----------

A named list with one element for each unit read.  The names corresponds to the names of the units read. Each unit element is in turn a list structure with groups (aka blocks). Each group contains requested fields, e.g. intensities, stdvs, and pixels. If more than one CEL file is read, an extra dimension is added to each of the fields corresponding, which can be used to subset by CEL file.
一个名为list读取每个单元的一个元素。名称对应的读取单位的名称。每个单元的元素是在打开一个list组（又名块）结构。每个组包含请求的领域，例如intensities，stdvs，pixels。如果一个以上的CEL的文件被读取，添加一个额外的维度每个领域CEL的文件子集，它可以用来。

Note that neither CEL headers nor information about outliers and masked cells are returned.  To access these, use readCelHeader() and readCel().
请注意，既不的CEL头也不离群和蒙面单元的信息返回。要访问这些，使用readCelHeader（）readCel（）。


作者（S）----------Author(s)----------


Henrik Bengtsson (<a href="http://www.braju.com/R/">http://www.braju.com/R/</a>)



参考文献----------References----------

June 14, 2005. http://www.affymetrix.com/support/developer/

参见----------See Also----------

Internally, readCelHeader(), readCdfUnits() and readCel() are used.
内部，readCelHeader（）readCdfUnits（）readCel（）使用。


举例----------Examples----------


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if (require("AffymetrixDataTestFiles")) {            # START #[开始＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

# Search for some available CEL files[寻找一些可用CEL文件]
path <- system.file("rawData", package="AffymetrixDataTestFiles")
files <- findFiles(pattern="[.](cel|CEL)$", path=path, recursive=TRUE, firstOnly=FALSE)
files <- grep("FusionSDK_Test3", files, value=TRUE)
files <- grep("Calvin", files, value=TRUE)

# Fake more CEL files if not enough[如果没有足够的假更CEL文件]
files <- rep(files, length.out=5)
print(files);
rm(files);


##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
}                                                     # STOP #[停止＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

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