convertCel(affxparser)
convertCel()所属R语言包：affxparser
Converts a CEL into the same CEL but with another format
同为CEL，但另一种格式转换成1CEL
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Converts a CEL into the same CEL but with another format. Currently only CEL files in version 4 (binary/XDA) can be written. However, any input format is recognized.
同为CEL，但另一种格式转换成CEL。目前只有CEL版本4中的文件（二进制/ XDA）可以写成。然而，任何输入格式是公认的。
用法----------Usage----------
convertCel(filename, outFilename, readMap=NULL, writeMap=NULL, version="4", newChipType=NULL, ..., .validate=FALSE, verbose=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：filename
The pathname of the original CEL file.
原为CEL文件的路径。
参数：outFilename
The pathname of the destination CEL file. If the same as the source file, an exception is thrown.
目的地为CEL文件的路径。如果源文件相同的，抛出一个异常。
参数：readMap
An optional read map for the input CEL file.
一个可选的输入为CEL文件读取图。
参数：writeMap
An optional write map for the output CEL file.
一个可选的输出为CEL文件写入图。
参数：version
The version of the output file format.
输出文件的格式版本。
参数：newChipType
(Only for advanced users who fully understands the Affymetrix CEL file format!) An optional string for overriding the chip type (label) in the CEL file header.
（仅适用于高级用户充分理解的Affymetrix CEL的文件格式！）覆盖在CEL的文件头的芯片类型（标签）的可选字符串。
参数：...
Not used.
不使用。
参数：.validate
If TRUE, a consistency test between the generated and the original CEL is performed.
如果TRUE，生成和原CEL之间的一致性测试执行。
参数：verbose
If TRUE, extra details are written while processing.
如果TRUE，额外的细节都写在处理时。
值----------Value----------
Returns (invisibly) TRUE if a new CEL was generated, otherwise FALSE.
返回（不可见）TRUE如果一个新的CEL的生成，否则FALSE。
基准的ASCII和二进制CELS----------Benchmarking of ASCII and binary CELs----------
Binary CELs are much faster to read than ASCII CELs. Here are some example for reading complete CELs (the differnce is even larger when reading CELs in subsets):
二进制CELS比ASCII CELS读取要快得多。这里有一些阅读完整CELS（differnce是更大的阅读时亚群CELS）的例子：
To do
做
警告：更改芯片类型的标签----------WARNING: Changing the chip type label----------
The newChipType argument changes the label in the part of DAT header that specifies the chip type of the CEL file. Note that it does not change anything else in the CEL file. This type of relabelling is valid for updating the chip type label of CEL files that where generated during, say, an "Early Access" period leading to a different chip type label than what more recent CEL files of the same physical chip type have.
newChipType参数改变在部分指定为CEL文件的芯片类型的DAT头标签。请注意，它不会改变任何其他在CEL文件。这种类型的再标签是有效更新芯片类型的标签，如期间产生CEL文件，说，“早期访问”期间导致比最近CEL文件相同的物理芯片类型有什么不同的芯片类型的标签。
作者（S）----------Author(s)----------
Henrik Bengtsson (<a href="http://www.braju.com/R/">http://www.braju.com/R/</a>)
参见----------See Also----------
createCel().
createCel（）。
举例----------Examples----------
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
if (require("AffymetrixDataTestFiles")) { # START #[开始＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
# Search for some available Calvin CEL files[搜寻一些可用的卡尔文CEL文件]
path <- system.file("rawData", package="AffymetrixDataTestFiles")
files <- findFiles(pattern="[.](cel|CEL)$", path=path, recursive=TRUE, firstOnly=FALSE)
files <- grep("FusionSDK_Test3", files, value=TRUE)
files <- grep("Calvin", files, value=TRUE)
file <- files[1]
outFile <- file.path(tempdir(), gsub("[.]CEL$", ",XBA.CEL", basename(file)))
if (file.exists(outFile))
file.remove(outFile)
convertCel(file, outFile, .validate=TRUE)
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
} # STOP #[停止＃]
##############################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 11:05:43
