affxparser-package(affxparser)
affxparser-package()所属R语言包：affxparser
Package affxparser
包affxparser
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
The affxparser package provides methods for fast and memory efficient parsing of Affymetrix files [1] using the Affymetrix' Fusion SDK [2]. Both traditional ASCII- and binary (XDA)-based files are supported, as well as Affymetrix future binary format "Calvin". The efficiency of the parsing is dependent on whether a specific file is binary or ASCII.
affxparser包提供Affymetrix公司的文件快速和内存的高效解析方法[1]使用Affymetrix公司的融合SDK [2]。既有传统的ASCII和二进制（XDA）为基础的文件支持，以及Affymetrix公司未来的二进制格式“卡尔文”。解析效率是依赖于一个特定的文件是否是二进制或ASCII。
Currently, there are methods for reading chip definition file (CDF) and a cell intensity file (CEL). These files can be read either in full or in part. For example, probe signals from a few probesets can be extracted very quickly from a set of CEL files into a convenient list structure.
目前，芯片定义文件（CDF）和单元强度文件（CEL）的阅读方法。可以读取这些文件全部或部分。例如，从几probesets探针信号可以提取一套CEL文件很快到一个方便的列表结构。
要求----------Requirements----------
This package requires only a standard R installation, that is, it works independently of other CRAN and Bioconductor packages.
这个软件包只需要一个标准的R安装，也就是说，独立工作其他CRAN的和Bioconductor包。
上手----------To get started----------
To get started, see:
要开始，请参阅：
readCelUnits() - reads one or several Affymetrix CEL file probeset by probeset.
readCelUnits（） - 读取一个或几个Affymetrix的CEL的文件probeset probeset的。
readCel() - reads an Affymetrix CEL file. by probe.
readCel（） - 读取Affymetrix公司为CEL文件。由探针。
readCdf() - reads an Affymetrix CDF file. by probe.
readCdf（） - 读取Affymetrix公司CDF文件。由探针。
readCdfUnits() - reads an Affymetrix CDF file unit by unit.
readCdfUnits（） - 读取单位Affymetrix公司的CDF文件单元。
readCdfCellIndices() - Like readCdfUnits(), but returns cell indices only, which is often enough to read CEL files unit by unit.
readCdfCellIndices（） - readCdfUnits()，但只返回单元指数，这通常是足够的阅读单位CEL文件单位。
applyCdfGroups() - Re-arranges a CDF structure.
applyCdfGroups（） - 重新安排一个CDF结构。
findCdf() - Locates an Affymetrix CDF file by chip type. This page also describes how to setup default search path for CDF files.
findCdf（） - 定位Affymetrix的民防部队的芯片类型的文件。此页还介绍了如何设置默认的搜索路径为CDF文件。
设立民防部队的搜索路径----------Setting up the CDF search path----------
Some of the functions in this package search for CDF files automatically by scanning certain directories. To add directories to the default search path, see instructions in findCdf().
一些在这民防包搜索功能文件自动扫描特定的目录。将目录添加到默认的搜索路径，请在说明findCdf（）。
今后的工作----------Future Work----------
Other Affymetrix files can be parsed using the Fusion SDK. Given sufficient interest we will implement this, e.g. DAT files (image files).
Affymetrix公司的其他文件可以使用融合的SDK进行解析。如果有足够的兴趣，我们将实现这一点，如DAT文件（图像文件）。
运行例子----------Running examples----------
In order to run the examples, data files must exists in the current directory. Otherwise, the example scripts will do nothing. Most of the examples requires a CDF file or a CEL file, or both. Make sure the CDF file is of the same chip type as the CEL file.
为了运行的例子中，数据文件必须在当前目录中存在。否则，示例脚本不会做任何事情。大多数的例子需要一个CDF文件或CEL的文件，或两者兼而有之。确保CDF文件是相同的芯片类型为CEL的文件。
Affymetrix provides data sets of different types at http://www.affymetrix.com/support/datasets.affx that can be used. There are both small are very large data sets available.
Affymetrix公司提供，可用于在http://www.affymetrix.com/support/datasets.affx不同类型的数据集。有两个小的是非常大的数据集。
tecnical细节----------Tecnical details----------
This package implements an interface to the Fusion SDK from Affymetrix.com. This SDK (software development kit) is an open source library used for parsing the various files formats used by the Affymetrix platform.
这个包实现了一个融合SDK从Affymetrix.com界面。此SDK（软件开发工具包）是一个开源库，用于解析由Affymetrix公司的平台上使用的各种文件格式。
The intention is to provide interfaces to most if not all file formats which may be parsed using Fusion.
其用意是大多数，如果不是所有的文件可能被解析的格式使用Fusion提供接口。
The SDK supports parsing of all the different versions of a specific fileformat. This means that ASCII, binary as well as the new binary format (codename Calvin) used by Affymetrix is supported through a single API. We also expect any future changes to the file formats to be reflected in the SDK, and subsequently in this package.
SDK支持的特定档案格式的所有不同版本的解析。这意味着通过一个单一的API支持ASCII，二进制以及由Affymetrix使用新的二进制格式（代号卡尔文）。我们也期望文件格式SDK中的任何反映未来的变化，并随后在此包。
However, as the current Fusion SDK does not support compressed files, neither does affxparser. This is in contrast to some of the existing code in affy and relatives (see below for links).
然而，由于目前的融合SDK不支持压缩文件，也没有affxparser。这是相反affy和亲戚的现有代码（见以下链接）。
In general we aim to provide functions returning all information in the respective files. Currently it seems that future Affymetrix chip designs may consists of so many features that returning all information will lead to an unnecessary overhead in the case a user only wants access to a subset. We have tried to make this possible.
一般情况下，我们的目标是提供返回各自的文件中的所有信息的功能。目前看来，未来的Affymetrix公司芯片设计，可这么多的功能，返回所有的信息将导致不必要的开销的情况下，只有一个用户要访问的一个子集组成。我们试图做到这一点。
For older file, certain entries in the files have been removed from newer specifications, and the SDK does not provide utilities for reading these entries. This includes eg. the FEAT column of CDF files.
对于旧的文件，文件中的某些条目被删除，新的规格，SDK不提供阅读这些条目的事业。这包括如。 CDF文件的壮举列。
Currently the package as well as the Fusion SDK is in beta stage. Bugs may be related to either codebase. We are very interested in users being unable to compile/parse files using this library - this includes users with custom chip designs.
目前包以及融合SDK是在测试阶段。错误可能涉及到任何的codebase。我们非常感兴趣的用户无法使用这个库文件编译/解析 - 这包括用户定制的芯片设计。
In addition, since we aim to return all information stored in the file (and accessible using the Fusion SDK) we would like reports from users being unable to do that.
此外，因为我们的目标是返回所有的信息存储在文件中（使用融合SDK访问），我们想从用户无法做到这一点的报告。
The efficiency of the underlying code may vary with the version of the file being parsed. For example, we currently report the number of outliers present in a CEL file when reading the header of the file using readCelHeader. In order to obtain this information from text based CEL files (version 2), the entire file needs to be read into memory. With version 3 of the file format, this information is stored in the header.
被解析的文件的版本的底层代码的效率可能会有所不同。例如，我们目前报告离群值的数量目前在CEL文件时读取文件头，使用readCelHeader。为了获得这个信息从基于文本CEL文件（第2版），整个文件需要被读入内存。与版本3的文件格式，此信息存储在头。
With the introduction of the Fusion SDK (and the next version of their file formats) Affymetrix has made it possible to use multibyte character sets. This implies that character information may be inaccesible if the compiler used to compile the C++ code does not support multibyte character sets (specifically we require that the R installation has defined the macro SUPPORT_MCBS in the Rconfig.h header file). For example GCC needs to be version 3.4 or greater on Solaris.
与引进的融合SDK（和他们的下一个版本的文件格式），Affymetrix公司已经使人们有可能使用多字节字符集。这意味着，如果编译器用于编译，性格信息可能inaccesible的C + +代码不支持多字节字符集（具体来说，我们需要安装的R定义的宏SUPPORT_MCBSRconfig.h头文件） 。例如，GCC必须是3.4版本或Solaris上。
In the info subdirectory of the package installation, information regarding changes to the Fusion SDK is stored, e.g.
在info子目录安装包，有关融合SDK的信息存储，例如
致谢----------Acknowledgments----------
We would like to thanks Ken Simpson (WEHI, Melbourne) and Seth Falcon (FHCRC, Seattle) for feedback and code contributions.
我们要感谢肯·辛普森（的WEHI，墨尔本）和Seth猎鹰（FHCRC，西雅图）反馈和代码贡献。
牌照----------License----------
The releases of this package is licensed under LGPL version 2.1 or newer. This applies also to the Fusion SDK.
这个软件包的版本被授权在LGPL 2.1或更新版本。这也适用于融合SDK。
作者（S）----------Author(s)----------
Henrik Bengtsson, <a href="mailto:hb@stat.berkeley.edu">hb@stat.berkeley.edu</a>,
James Bullard, <a href="mailto:bullard@stat.berkeley.edu">bullard@stat.berkeley.edu</a> and
Kasper Daniel Hansen, <a href="mailto:khansen@stat.berkeley.edu">khansen@stat.berkeley.edu</a>.
参考文献----------References----------
April, 2006. http://www.affymetrix.com/support/developer/<br> [2] Affymetrix Inc, Fusion Software Developers Kit (SDK), 2006. http://www.affymetrix.com/support/developer/fusion/<br>
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发表于 2012-2-25 11:05:00
