partialPlot(RRF)
partialPlot()所属R语言包:RRF
Partial dependence plot
部分依赖图
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Partial dependence plot gives a graphical depiction of the marginal effect of a variable on the class probability (classification) or response (regression).
部分依赖图给出了一个图形化描述类的概率(分类)或响应(回归)的一个变量的边际效应。
用法----------Usage----------
## S3 method for class 'RRF'
partialPlot(x, pred.data, x.var, which.class,
w, plot = TRUE, add = FALSE,
n.pt = min(length(unique(pred.data[, xname])), 51),
rug = TRUE, xlab=deparse(substitute(x.var)), ylab="",
main=paste("Partial Dependence on", deparse(substitute(x.var))),
...)
参数----------Arguments----------
参数:x
an object of class RRF, which contains a forest component.
一个对象的类RRF,包含了forest组成部分。
参数:pred.data
a data frame used for contructing the plot, usually the training data used to contruct the random forest.
一个数据框,用于contructing的图,通常用于训练数据的随机森林之建构。
参数:x.var
name of the variable for which partial dependence is to be examined.
部分依赖的是要检查的变量名。
参数:which.class
For classification data, the class to focus on (default the first class).
对于分类数据的类(默认情况下,第一类)。
参数:w
weights to be used in averaging; if not supplied, mean is not weighted
中使用平均的权重,如果未提供,意味着还没有加权
参数:plot
whether the plot should be shown on the graphic device.
图是否应显示在图形设备。
参数:add
whether to add to existing plot (TRUE).
是否添加到现有的图(TRUE“)。
参数:n.pt
if x.var is continuous, the number of points on the grid for evaluating partial dependence.
如果x.var是连续的,在评估部分依赖的网格上的点数目。
参数:rug
whether to draw hash marks at the bottom of the plot indicating the deciles of x.var.
是否绘制散列标记在底部的表示x.var的十分位数的图。
参数:xlab
label for the x-axis.
标签的x轴。
参数:ylab
label for the y-axis.
标签的y轴。
参数:main
main title for the plot.
参数:...
other graphical parameters to be passed on to plot or lines.
其他图形来传递参数plot或lines。
Details
详细信息----------Details----------
The function being plotted is defined as:
where x is the variable for which partial dependence is sought, and x_{iC} is the other variables in the data. The summand is the predicted regression function for regression, and logits (i.e., log of fraction of votes) for which.class for classification:
x是可变的部分依赖,寻求和x_{iC}是其他变量的数据。被加数是预测的回归,回归函数和logits(即log的投票分数)为which.class分类:
where K is the number of classes, k is which.class, and p_j is the proportion of votes for class j.
K的班级数目,k是which.class和p_j的比例是票类j。
值----------Value----------
A list with two components: x and y, which are the values used in the plot.
列表两部分组成:x和y,这是在图中所使用的值。
注意----------Note----------
The RRF object must contain the forest component; i.e., created with RRF(..., keep.forest=TRUE).
RRF对象必须包含forest组件,即,创建RRF(..., keep.forest=TRUE)。
This function runs quite slow for large data sets.
这个函数运行很慢,对于大型数据集。
(作者)----------Author(s)----------
Andy Liaw <a href="mailto:andy\_liaw@merck.com">andy\_liaw@merck.com</a>
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
RRF
RRF
实例----------Examples----------
data(airquality)
airquality <- na.omit(airquality)
set.seed(131)
ozone.rf <- RRF(Ozone ~ ., airquality)
partialPlot(ozone.rf, airquality, Temp)
data(iris)
set.seed(543)
iris.rf <- RRF(Species~., iris)
partialPlot(iris.rf, iris, Petal.Width, "versicolor")
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