R语言 aCGH包 plotHmmStates()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotHmmStates(aCGH)
plotHmmStates()所属R语言包：aCGH

                                         Plotting the estimated hmm states and log2 ratios for each sample.
                                         绘制估计HMM状态和log2比率为每个样品。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function displays the estimated hmm states and log2 ratios for each sample.
此功能显示估计的HMM状态和log2比率为每一个样本。


用法----------Usage----------


plotHmmStates(aCGH.obj, sample.ind, chr = 1:num.chromosomes(aCGH.obj),
             statesres = hmm.merged(aCGH.obj), maxChrom = 23,
             chrominfo = human.chrom.info.Jul03, yScale = c(-2, 2),
             samplenames = sample.names(aCGH.obj))



参数----------Arguments----------

参数：aCGH.obj
object of class aCGH
对象的类aCGH


参数：sample.ind
index of the sample to be plotted relative to the data matrix (i.e. column index in the file)
要绘制指数的样本数据矩阵（即列的索引文件中的相对）


参数：statesres
matrix containing states informations. defaults to the states selected using the first  model selection criterionof aCGH.obj
矩阵包含状态信息。默认状态选择使用的第一款车型的选择criterionofaCGH.obj


参数：chr
vector of chromosomes to be plotted
要绘制染色体向量


参数：yScale
specified scale for Y-exis
指定为Y型现有的规模


参数：maxChrom
highest chromosome to show
最高的染色体显示


参数：chrominfo
a chromosomal information associated with the mapping of the data
染色体相关的信息与数据的映射


参数：samplenames
vector of sample names
向量的样本名称


Details

详情----------Details----------

Each chromosome is plotted on a separate  page and contains two figures. The top figure shows the observed log2ratios and the bottom figure shows predicted values for all clones but outliers which show observed values. The genomic events are indicated on both figures as following. The first clone after transition is indicated with solid blue line and the last clone after transitions is shown with dotted green line. Focal aberrations clones are colored orange, amplifications are colored red and outliers are yellow.
每个染色体上绘制一个单独的页面，并包含两个数字。上图显示了的观测log2ratios和底部的数字显示所有显示观测值的克隆，但离群的预测值。基因组的事件表明这两个数字如下。蓝色实线表示的过渡期后的第一个克隆和转换后的最后克隆与绿色虚线所示。克隆焦距畸变是橙色，扩增是红色和离群值是黄色的。


作者（S）----------Author(s)----------


Jane Fridlyand



参考文献----------References----------

array CGH data, Fridlyand et.al., JMVA, 2004

参见----------See Also----------

aCGH find.hmm.states plotGenome
aCGHfind.hmm.statesplotGenome


举例----------Examples----------



data(colorectal)
plotHmmStates(colorectal, 1)


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