R语言 aCGH包 findAmplif.func()函数中文帮助文档(中英文对照)

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findAmplif.func(aCGH)
findAmplif.func()所属R语言包：aCGH

                                        Function to determine high level amplifications
                                         功能来确定高水平扩增

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function identifies high level amplifications by considering the height, the width of an amplicon relative to the urrounding clones. Only narrow peaks much higher than its neigbors are considered as high level amplifications.
此功能确定考虑的高度，宽度相对urrounding克隆扩增高水平的扩增。只有多比其neigbors更高窄峰被认为是高水平的扩增。


用法----------Usage----------


findAmplif.func(absValSingle = 1, absValRegion = 1.5, diffVal1 = 1,
diffVal2 = 0.5, maxSize = 10000, translen.matr, trans.matr, aber,
outliers, pred, pred.obs, statesres)



参数----------Arguments----------

参数：absValSingle
A clone is declared to be an amplification if it is a focal aberration or an outlier and its value exceeds absValSingle
如果它是一个焦点差或离群，其价值超过absValSingle克隆被宣布为是一个放大


参数：absValRegion
A clone is an amplification if if a clone belong to a region with width less than maxSize and  observed value for a clones is greater than absValRegion
如果克隆属于宽度小于maxSize和观测值的克隆到一个区域比absValRegion克隆扩增


参数：diffVal1
Clone is an amplification if it is an aberration and greater by diffVal1 than max of the two surrounding stretches
克隆扩增，如果它是像差和周围绵延diffVal1更大的比最大


参数：diffVal2
Clone is an amplification if it is an outlier, its observed values is greater by diffVal2 than max of the two surrounding stretches
克隆是一个放大，如果它是一个离群，其观测值是diffVal2大于最大的两个周边延伸


参数：maxSize
The clones  may not be declared as amplifications if they belong to the states with spanning more than maxSize
克隆可能被宣布为扩增，如果他们属于美国与跨越更比MAXSIZE


参数：translen.matr
State length matrix. The output of the findTrans.func
国家长度基质。输出的findTrans.func的


参数：trans.matr
Transition matrix. The output of the findTrans.func
过渡矩阵。输出的findTrans.func的


参数：aber
Aberration matrix. The output of the findAber.func
畸变矩阵。输出的findAber.func的


参数：outliers
Outliers matrix. The output of the findOutliers.func
离群矩阵。输出的findOutliers.func的


参数：pred
Predicted values matrix. The output of the findOutliers.func
预测值的矩阵。输出的findOutliers.func的


参数：pred.obs
Predicted values matrix with observed values assigned to the outliers. The output of the findOutliers.func
预测值与分配到的离群观测值的矩阵。 findOutliers.func输出


参数：statesres
The states output of the hmm.run.func
hmm.run.func输出


Details

详情----------Details----------

Note that all the distances are in Megabases and all the heights are on log2ratio scale.
请注意，所有的距离都在碱基和所有的高度上log2ratio规模。


值----------Value----------


参数：amplif.matrix
Binary matrix with a row for each clone and column for each sample. "1" indicates amplification
每个样品每个克隆和列与行的二元矩阵。 “1”表示放大

...
...


作者（S）----------Author(s)----------


Jane Fridlyand



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

aCGH
aCGH

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注：
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