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R语言 rpubchem包 get.aid.by.cid()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-9-28 20:20:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
get.aid.by.cid(rpubchem)
get.aid.by.cid()所属R语言包:rpubchem

                                        Get Assay ID Based on Compound Activity
                                         基于化合物的活性含量ID

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function allows you to identify PubChem assays in which a compound, specified by CID, has been tested in. The method uses the PubChem Power User Gateway (PUG) and as a result can be slow.
此功能可让您识别PubChem数据库检测的化合物,指定CID英寸,已经过测试,该方法使用的的PubChem数据库超级用户网关(PUG),其结果可能会很慢。

The function can be used to identify assays in which the CID is active, inactive, discrepant in, or simply the assays in which it  has been tested.
该函数可以被用于识别检测,其中该CID是有效,无效的,有差异的,或简单的实验中,它已经过测试。

However, since the query can be slow, it is useful  have the raw data. In such a case, one can get an indicator matrix which can be processed to identify assays in which the compound are active, inactive, etc.
然而,因为该查询可以是缓慢的,它是有用的具有原始数据。在这样的情况下,人们可以得到它可以被处理,以确定检测的指标矩阵,其中的化合物是活性的,无效的,等


用法----------Usage----------


get.aid.by.cid(cid, type="raw", quiet=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数:cid
A single compound ID
单一的化合物ID


参数:type
What type of query should be performed. Valid values are 'active', 'inactive', 'discrepant', 'tested' or 'raw'.
应进行什么类型的查询。有效的值是“积极的”,“无效”,“不符点”,“测试”或“原始”。


参数:quiet
If FALSE, output is verbose
如果FALSE,输出是详细


Details

详细信息----------Details----------

Since the method employs PUG, it is rather slow. In addition it can also fail intermittently. In general, as long as the CID is correctly specified, a pause
由于该方法采用的哈巴狗,它是相当缓慢的。此外,它也可以间歇性地失败。在一般情况下,只要作为CID正确指定,暂停


值----------Value----------

If the type argument was one of 'active', 'inactive', 'discrepant' or  'tested' a numeric vector of assay IDs. If 'raw' was specifiec, a binary matrix is returned with the number of rows equal to the number of assays the compound was  tested in and 4 columns - aid, active, inactive, discrepant. If a row has a  a 1 in columns 2 to 4, it indicates that the compound is either active, inactive or discrepant.
如果type参数是一个“积极的”,“无效”,“不符点”或“测试”的一个数值向量分析的ID。如果“原始”是specifiec,一个二进制矩阵的行的数目相等的数目测定的化合物进行了测试,和4列 - 援助,有效,无效,不符返回。如果某行1列中的2~4的氨基酸,则表明所述化合物为有效,无效或不符。

In case an invalid CID was specified or the query failed, NULL is returned.
如果一个无效的CID被指定或查询失败,NULL返回。


(作者)----------Author(s)----------


Rajarshi Guha <a href="mailto:rguha@indiana.edu">rguha@indiana.edu</a>



参见----------See Also----------

get.assay
get.assay

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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