doPlotEset(ABarray)
doPlotEset()所属R语言包:ABarray
Produce a number of QA plot plus t and ANOVA test
产品质量保证的图,加上T和ANOVA检验
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Produce boxplot, MA plot, scatter plot, correlation, S/N detection concordance, CV, and t test, ANOVA test if subgroup is more than 2
生产盒形图,主图,散点图,相关性,检测的S / N的一致性,CV和t检验,方差分析测试,如果分组是超过2
用法----------Usage----------
doPlotEset(eset, group, name = "", snThresh = 3, test = TRUE, ...)
参数----------Arguments----------
参数:eset
an ExpressionSet object
ExpressionSet对象
参数:group
name of the group from experiment design file
从实验设计文件组的名称
参数:name
a name for use in output files for record purpose
在输出文件,以作记录使用的名称
参数:snThresh
threshold of S/N considered detectable, default = 3
阈值的S / N考虑检测,默认值= 3
参数:test
whether t or ANOVA test should be performed
是否应进行t或ANOVA检验
参数:...
Additional arguments, currently not implemented
额外的参数,目前尚未实现
Details
详情----------Details----------
The t test and fold change is performed with function fctPlot. See additional information with fctPlot. ANOVA is performed with doANOVA.
功能fctPlott检验和fold change。 fctPlot看到更多的信息。方差是用doANOVA。
If there are more than 2 subgroup in group, t test and fold change will be performed for each pair of subgroup and one way ANOVA will be performed. If subgroup is 2, ANOVA will not be performed.
如果有超过2群group,t检验和褶皱的变化将每个分组对单向ANOVA将执行。如果分组是2,变异数将不会被执行。
值----------Value----------
None. A number of plots and t or ANOVA test result file will be produced.
没有。会产生一些图和t或方差分析测试结果文件。
作者(S)----------Author(s)----------
Y Andrew Sun
举例----------Examples----------
#-doPlotEset(eset, "sampleGroup")[-doPlotEset(ESET,“sampleGroup”)]
#-doPlotEset(eset, "sampleGroup", name = "perfect")[-doPlotEset(ESET,的“sampleGroup”,名称=“完美”)]
#-doPlotEset(eset, "sampleGroup", test = FALSE) ##- t test will be not performed[将不执行,doPlotEset(ESET,的“sampleGroup”,测试= FALSE)## - t检验]
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