[.msa(rphast)
[.msa()所属R语言包：rphast
Extract, replace, reorder MSA...
提取，替换，重新排序MSA ...
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Extract, replace, reorder MSA
提取，替换，重新排序MSA
用法----------Usage----------
## S3 method for class 'msa'
x[rows, cols, pointer.only]
参数----------Arguments----------
参数：x
An object of type msa
的对象类型msa，
参数：rows
A numeric vector of sequence indices, character vector (containing sequence name), or logical vector (containing sequences to keep). If logical vector it will be recycled as necessary to the same length as nrow.msa(x).
一个数字向量序列索引，字符向量（含序列名称），或逻辑向量（含序列保持）。如果逻辑向量，它会被回收在必要时作为nrow.msa(x)为相同的长度。
参数：cols
A numeric vector of alignment columns, or a logical vector containing columns to keep. If logical vector it will be recycled as necessary to the same length as ncol.msa(x). Note that these are in coordinates with respect to the entire alignment. x$idx.offset is ignored here.
一个数字对齐列向量，或逻辑的向量列保持。如果逻辑向量，它会被回收在必要时作为ncol.msa(x)为相同的长度。请注意，这些是在相对于整个对齐的坐标。 X $ idx.offset这里被忽略了。
参数：pointer.only
If TRUE, return an object which is only a pointer to a structure stored in C (useful for large alignments; advanced use only). In certain cases when the original alignment is stored in R, it may be more efficient return an object in R, in which case this argument will be ignored.
如果TRUE，返回一个对象，它仅仅是一个指针存储在C的结构（对于大的路线，先进的使用）。当原始取向被存储在R中在某些情况下，它可能是更高效的回报在R中的一个对象，在这种情况下，这个参数将被忽略。
Details
详细信息----------Details----------
Treat multiple sequence alignment as a matrix where each row corresponds to a sequence for one species, and each column is one position aligned across all species.
作为一个矩阵，其中每一行对应于一个物种的序列用于治疗多序列比对，并且每一列是一个位置对齐在所有物种。
The bracket notation can return a subset of the alignment,
中括号表示法可以返回一个子集的对齐方式，
注意----------Note----------
This function will not alter the value of x even if it is stored as
此功能不会改变x的值，即使它被存储为
（作者）----------Author(s)----------
Melissa J. Hubisz and Adam Siepel
参见----------See Also----------
sub.msa which can subset columns based on genomic coordinates, and extract.feature.msa which can subset based
sub.msa可以基于基因组坐标系的子集列，和extract.feature.msa子集，根据
实例----------Examples----------
require("rphast")
m <- msa(seqs=c("ACGTAT", "AGGTAA", "AGGTAG"),
names=c("human", "mouse", "rat"))
print(m[c("rat", "rat", "human"), ], print.seq=TRUE)
print(m[c(3,3,1),], print.seq=TRUE)
print(m[c(TRUE, FALSE, TRUE),], print.seq=TRUE)
print(m[TRUE,], print.seq=TRUE)
print("[.msa"(m, "mouse",c(1,6,3,5)), print.seq=TRUE)
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-9-28 00:07:45
