R语言 rphast包 write.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

write.msa(rphast)
write.msa()所属R语言包：rphast

                                        Writing MSA Objects to Files
                                         到文件编写MSA对象，

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Writes a multiple sequence alignment (MSA) object to a file
多序列比对（MSA）对象写入到一个文件中


用法----------Usage----------


    pretty.print=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
an object of class msa
MSA的类的对象


参数：file
File to write (will be overwritten).  If NULL, output goes to terminal.
文件中写入（将被覆盖）。如果为NULL，输出到终端。


参数：format
format to write MSA object.  Valid values are "FASTA", "PHYLIP", "MPM", or "SS".
格式写MSA对象。有效值是“FASTA”，“PHYLIP”，“MPM”，或“SS”。


参数：pretty.print
Whether to pretty-print alignment (turning bases which match the first base in the same column to ".").
无论是漂亮的打印对齐（把碱基相匹配的第一个碱基在同一列中的“。”）。


注意----------Note----------

pretty.print does not work if format="SS".
pretty.print不工作，如果格式=“SS”。


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


m <- msa(seqs=c("ACGTAT", "AGGTAA", "AGGTAG"),
         names=c("human", "mouse", "rat"))
write.msa(m, "foo.ss")
write.msa(m, "foo.fa", pretty.print=TRUE)
write.msa(m, NULL, format="PHYLIP", pretty.print=TRUE)

#clean up[清理]
unlink("foo.ss")
unlink("foo.fa")

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。