translate.msa(rphast)
translate.msa()所属R语言包：rphast
Get amino acid sequences from an alignment...
获取从对应的氨基酸序列...
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Get amino acid sequences from an alignment
获取从一个对准的氨基酸序列
用法----------Usage----------
参数----------Arguments----------
参数：m
An object of type msa representing the alignment. The alignment is assumed to be coding sequence, already in frame.
类型的对象，msa代表的对齐方式。被假定为编码序列，已经在帧的对准。
参数：one.frame
A logical value indicating whether to use the same frame for all species in the alignment, or a separate frame for each species. If one.frame==TRUE then every three columns of the alignment is translated into a codon, regardless of gaps within the alignment. If one.frame==FALSE, gaps will shift the frame in the species where they occur. In this case, the length of the seqeunces returned may not all be the same.
一个逻辑值，该值指示是否使用相同的帧的所有物种中的对准，或一个单独的帧的每个物种。如果one.frame==TRUE然后每三列中的取向被翻译成的密码子，无论内对准的间隙。如果one.frame==FALSE，差距将转向帧的物种，它们发生在哪里。在这种情况下，返回的seqeunces长度可能不是所有的相同。
参数：frame
An integer specifying an offset from the first column of the alignment where the coding region starts. The default 0 means start at the beginning. If one.frame==FALSE, frame can be a vector of integers, one for each species. Otherwise it should be a single value.
一个整数，指定的偏移量的编码区的启动其中的取向从第一塔。默认为0表示从头开始。如果one.frame==FALSE，帧可以是整数，一个用于每个物种的向量。否则，它是一个单值。
值----------Value----------
A vector of character strings representing the translated alignment. The characters are amino acid codes, with '$' representing a stop codon, and '*' denoting missing data or a codon with 1 or 2 gaps, and '-' denoting
一个向量的字符串翻译对准。的字符是氨基酸代码，“$”表示终止密码子，和*，指示丢失的数据，或具有1或2个间隙的密码子，和 - 表示
（作者）----------Author(s)----------
Melissa J. Hubisz
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-9-28 00:07:04
