R语言 rphast包 tm()函数中文帮助文档(中英文对照)

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tm(rphast)
tm()所属R语言包：rphast

                                        Tree Models
                                         树模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Make a new tree model
创建一个新的树模型


用法----------Usage----------


    nratecats=1, alpha=0, rate.consts=NULL, rate.weights=NULL,
    selection=NULL, root.leaf=NULL, likelihood=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：tree
A character string representing a phylogenetic tree in newick foromat
一个字符串的进化树中newick foromat


参数：subst.mod
A character string giving a valid substitution mod. See subst.mods.
提供一个有效的替代国防部的一个字符串。见subst.mods。


参数：rate.matrix
A square matrix representing the rate of substitution from one state to the next.
一方阵，从一个状态到下一个替代率。


参数：backgd
A numeric vector giving the equilibrium frequencies for each state.
一个数值向量给每个状态的平衡频率。


参数：alphabet
A character vector containing all valid states, given in the order they are represented in rate.matrix and backgd.  Defaults to "ACGT"
字符向量，包含所有有效状态，他们表示在rate.matrix和backgd的顺序。默认为“ACGT”


参数：nratecats
The number of rate categories in the model.  Defaults to 1.
率模型中的类的数量。默认为1。


参数：alpha
If nratecats > 1, weight for each category is computed using a gamma distribution with shape parameter alpha.
如果使用伽玛分布的形状参数αnratecats> 1时，计算每个类别的重量。


参数：rate.consts
The rate for each rate category.  NULL if only one category.
率各率类别。 NULL，如果只有一个类别。


参数：rate.weights
Vector of numeric of length nratecats, determining the weight of each rate category.  Must sum to 1 (will be normalized otherwise).  May be defined implicitly by alpha.
矢量的数字长度nratecats，每个速率类别确定的重量。总和必须为1（否则将被标准化）。可能是隐含定义的alpha。


参数：selection
If not NULL, then this is a numeric value giving the selection parameter for this model.  If NULL then there is no selection in the model.  If selection==0.0, means that selection has no effect in the current model, but is part of the model, and by default the selection parameter will be optimized by phyloFit.  The rate matrix is assumed to already be scaled by the selection parameter, if provided.
如果不为NULL，那么这是一个数值，此模型的参数选择。如果为NULL，那么有没有在模型中选择。如果选择== 0.0，这意味着有没有影响，选择在当前模型，但模型的一部分，默认情况下，选择参数进行优化phyloFit。率矩阵假设已经通过以下进行缩放，如果提供的选择参数。


参数：root.leaf
Usually NULL, but if set to the name of a leaf node in the tree, the tree will be re-rooted at this leaf node.
通常NULL，但如果设置为树的叶节点的名称，树将重新扎根在这片叶子节点。


参数：likelihood
an optional value giving the log likelihood of this model for some alignment.
可选一些调整这个模型的对数似然值的。


Details

详细信息----------Details----------

Tree models represent a substitution process along a phylogenetic tree.  They are stored as a list, with components defined by the
沿进化树树模型替代过程。它们被存储为一个列表，由定义的组件


值----------Value----------

An object of class tm representing a phylogenetic model.
对象的类tm的较系统发育模型。


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


tree <- "((human:0.01, chimp:0.01):0.03, mouse:0.3)"
subst.mod <- "JC69"
rate.mat <- matrix(runif(16), nrow=4, ncol=4)
for (i in 1:4)
  rate.mat[i,i] <- -sum(rate.mat[i,-i])
backgd <- runif(4)
backgd <- backgd/sum(backgd)
alphabet <- "ACGT"
t <- tm(tree, subst.mod, rate.mat, backgd, alphabet)
t

nratecats <- 3
alpha <- 1.5
rate.consts <- runif(nratecats, max=3.0)
root.leaf <- "human"
t <- tm(tree, subst.mod, rate.matrix=rate.mat,
        backgd=backgd, alphabet=alphabet,
        nratecats=nratecats, alpha=alpha,
        rate.consts=rate.consts, root.leaf=root.leaf)
t

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注：
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