R语言 rphast包 sub.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sub.msa(rphast)
sub.msa()所属R语言包：rphast

                                        MSA Subset
                                         MSA子集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get a subset of an alignment
获取的取向的一个子集


用法----------Usage----------


    pointer.only=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type msa
的对象类型msa，


参数：seqs
The sequence names to keep (or to remove if keep is FALSE)
保留的序列名称（或删除，如果保持FALSE）


参数：keep
Whether to keep the named sequences or remove them
是否保留命名的序列或删除


参数：start.col
the first column to keep (columns indices start at 1)
保持第一列（列指数从1开始）


参数：end.col
the last column to keep (inclusive)
最后一列保持（含）


参数：refseq
A character string naming the sequence in the alignment which determines the coordinates for start.col and end.col.  If NULL, start.col and end.col are column indices in the multiple alignment.
命名的顺序确定的坐标为start.col和end.col对准甲字符串。如果NULL，start.col和end.col的列索引中的多序列比对。


参数：pointer.only
If TRUE, return an msa object which is only a pointer to a C structure (advanced use only).
如果TRUE，返回的的MSA对象这是一个C结构的指针（高级）。


值----------Value----------

A new MSA object containing a subset of the original MSA.
一个新的MSA对象，其中包含原来的MSA的一个子集。


注意----------Note----------

If x is stored as a pointer and represents an unordered alignment,
如果x是存储作为一个指针，并代表一个无序取向，


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


m <- msa(seqs=c("ACGT---AT", "AGGTAGTAA", "AGGAAGTAG"),
         names=c("human", "mouse", "rat"))
print(sub.msa(m, c("human", "rat"), start.col=3, end.col=6),
      print.seq=TRUE)
print(sub.msa(m, c("mouse"), keep=FALSE, refseq="human",
              start.col=3, end.col=4),
      print.seq=TRUE)

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