R语言 rphast包 strip.gaps.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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strip.gaps.msa(rphast)
strip.gaps.msa()所属R语言包：rphast

                                        MSA Strip Gaps
                                         MSA地带跳空

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Strip gaps from an alignment.
剥开对齐的差距。


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
MSA object
MSA对象


参数：strip.mode
Determines which gaps to strip.  See Details
确定哪些差距剥离。查看详细资料


Details

详细信息----------Details----------

If strip.mode can be a vector of integers or a vector of character strings.  If it is a vector of integers, these are the indices of the sequences from which to strip gaps. If strip.mode is vector of character strings, each string names a sequence from which to strip gaps.
，如果strip.mode是整数或一个字符串向量的向量。如果它是一个整数的矢量，这些序列的指数，其中从其中剥离间隙。 ，如果strip.mode为向量的字符串，每个字符串命名序列，从中剥离的差距。

strip.mode can also be the string "all.gaps" or "any.gaps".  The former will strip columns containing only gaps, whereas the latter strips
strip.mode也可以是字符串“all.gaps”或“any.gaps”。前者将剥离列只包含空白，而后者则带


值----------Value----------

an MSA object, with gaps stripped according to strip.mode.
一个的MSA对象，间隙剥离根据strip.mode。


注意----------Note----------

If x is passed as a pointer to a C structure (ie, it was created with pointer.only=TRUE), then this function will directly modify x.  Use strip.gaps.msa(copy.msa(x)) to avoid this behavior.  Also, the return value will be stored as a pointer if x is stored as a pointer;
如果x是通过一个C结构的指针（即，它的创建与pointer.only = TRUE），那么这个函数将直接修改。使用strip.gaps.msa（copy.msa（X））来避免这种行为。此外，返回值将被存储为一个指针，如果x存储为一个指针;


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


m <- msa(seqs=c("A--ACGTAT-", "AG-AGGTAA-", "AGGAGGTA--"),
         names=c("human", "mouse", "rat"))
print(strip.gaps.msa(m, c("human", "mouse")), print.seq=TRUE)
print(strip.gaps.msa(m, strip.mode="any.gaps"), print.seq=TRUE)
print(strip.gaps.msa(m, strip.mode="all.gaps"), print.seq=TRUE)
print(m, print.seq=TRUE)
#' NOTE if msa stored as pointer, original object is changed[注意：如果MSA存储为指针，改变原来的对象]
m <- as.pointer.msa(m)
temp <- strip.gaps.msa(m, "any.gaps")
print(m, print.seq=TRUE)

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