R语言 rphast包 rescale.tree()函数中文帮助文档(中英文对照)

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rescale.tree(rphast)
rescale.tree()所属R语言包：rphast

                                        Scale a Tree or Subtree
                                         扩展一个树或子树

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Rescale a tree
重新缩放树


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：tree
A vector of character strings, each containing a newick tree
一个字符串向量，每个都包含将Newick树


参数：scale
A vector of scale factors for each tree (will be recycled as necessary if shorter than trees)
每棵树（比例因子的矢量将被回收利用必要的，如果小于树）


参数：subtree
If not NULL, scaling will be on subtree defined by the named node.  Subtrees will be recycled as necessary if shorter than trees.
如果不为NULL，将在指定节点子树定义缩放。必要的，如果小于树子树将被回收利用。


参数：include.leading
(Only applicable when subtree used) If TRUE, include the branch leading to the named node in the subtree.
（仅适用于子树使用时），如果TRUE，包括分公司领导到指定节点的子树中。


值----------Value----------

A vector of trees whose branches have been scaled
树的矢量，其分支机构已扩大


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


trees <- c("((hg18:1.0, panTro2:2.0):3.0, mm9:4.0);",
           "((hg18:0.142679,(mm9:0.083220,rn4:0.090564):0.269385):
                0.020666,canFam2:0.193569);")
rescale.tree(trees, 0.5)
rescale.tree(trees, c(0.5, 2.0))
trees <- name.ancestors(trees)
rescale.tree(trees, 0.5, c("hg18-panTro2", "hg18-mm9"))
      
#' rename.tree[“rename.tree]
trees <- c("((hg18:1.0, panTro2:2.0):3.0, mm9:4.0);",
           "((hg18:0.142679,(mm9:0.083220,rn4:0.090564):0.269385):
                0.020666,canFam2:0.193569);")
rename.tree(trees,
            old.names=c("hg18", "panTro2", "mm9", "rn4", "canFam2"),
            new.names=c("human", "chimp", "mouse", "rat", "dog"))

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