R语言 rphast包 print.msa()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

print.msa(rphast)
print.msa()所属R语言包：rphast

                                        Printing MSA objects
                                         打印MSA对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Prints an MSA (multiple sequence alignment) object.
打印多序列比对（MSA）的对象。


用法----------Usage----------


    format=NULL, pretty.print=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
an object of class msa
MSA的类的对象


参数：...
additional arguments sent to print
发送额外的参数print


参数：print.seq
whether to supress printing of the alignment
是否镇压印刷的对准的


参数：format
to print sequence in if printing alignment
打印序列中，如果打印对齐


参数：pretty.print
whether to pretty.print pretty-print sequence if printing alignment
是否pretty.print漂亮的打印序列，如果打印对齐


Details

详细信息----------Details----------

Valid formats for printing are "FASTA", "PHYLIP", "MPM", and "SS". See is.format.msa for details on these formats. If format is specified, the alignment is printed regardless of print.seq.
用于打印的有效格式是“FASTA”，“PHYLIP”，“MPM”，而“SS”。见is.format.msa这些格式的详细信息。如果指定的格式，印刷的对准无论print.seq。

Pretty-printing will cause all characters in a column which match the value in the first row to be printed as ".".  It only works for FASTA, PHYLIP, or MPM formats.
漂亮的印刷会造成一列中的值相匹配要打印的第一行中的“。”的所有字符。它仅适用于FASTA，PHYLIP，或MPM格式。

If print.seq==TRUE, then the default printing format depends on whether the sequence is stored by value (the default storage mode), or by  reference.  If the MSA is stored by value, the default format is
如果print.seq == TRUE，那么默认的打印格式依赖于序列中是否存储值（默认的存储模式），或参照。如果MSA存储的值，默认格式是


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


# read in an MSA stored in R[读取存储在R的MSA]
m <- msa(seqs=c("ACGTAT", "AGGTAA", "AGGTAG"),
         names=c("human", "mouse", "rat"))
print(m)
print(m, format="FASTA")
print(m, format="PHYLIP", pretty.print=TRUE)

# read in an MSA stored by reference in C[在通过引用在C中存储的MSA读取]
m <- msa(seqs=c("ACGTAT", "AGGTAA", "AGGTAG"),
         names=c("human", "mouse", "rat"),
         pointer.only=TRUE)
print(m)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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