R语言 a4Preproc包 addGeneInfo()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

addGeneInfo(a4Preproc)
addGeneInfo()所属R语言包：a4Preproc

                                        Utility Function to Add Annotation to existing ExpressionSet Objects
                                         效用函数添加注释现有ExpressionSet对象的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Adds appropriate featureData, similar to the metadata added in the pipeline script, to the ExpressionSet object.
添加的适当featureData，管道脚本中添加元数据，对象的ExpressionSet。


用法----------Usage----------


addGeneInfo(eset, annotationLibrary = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：eset
ExpressionSet object for to which one wants to add  additional annotation information
ExpressionSet对象要添加额外的注释信息


参数：annotationLibrary
Annotation Library to use. Must be specified when working with Entrez gene IDs. In this case, one can make use of the JnJ annotation packages such as hgu133plus2hsentrezgJnJ. If not specified, the annotation of the package will be automatically requested with annotation() of the expressionSet object eset and then Affymetrix probe set IDs are expected in featureNames  
使用注解图书馆。 Entrez基因标识的工作时，必须指定。在这种情况下，可以使用如hgu133plus2hsentrezgJnJJNJ注解包。如果没有指定，包注释将被自动要求annotation()的expressionSet对象eset然后Affymetrix的探针集IDfeatureNames预计


Details

详情----------Details----------

Slots of featureData(a4ALL) are
featureData插槽（a4ALL）的

<KBD>Entrez ID</KBD>~: Entrez ID as retrieved from annotation package
<KBD> Entrez的编号</大骨节病>~：Entrez的ID检索注释包

<KBD>Ensembl ID</KBD>~: Ensembl ID as retrieved from annotation package
<KBD> Ensembl的编号</大骨节病>~：Ensembl的编号从注释包检索

<KBD>Gene Symbol</KBD>~: Gene symbol as retrieved from annotation package
<KBD>基因符号</大骨节病>：基因符号注解包检索

<KBD>Description</KBD>~: Description as retrieved from annotation package
<KBD>描述</大骨节病>：说明注解包检索


值----------Value----------

a new ExpressionSet object with the additional information stored as feature data
与其他信息的新ExpressionSet对象特征数据存储


注意----------Note----------

One should always use subscripting of featureData by column name (e.g. featureData(a4ALL)$`Entrez ID`; as the pipeline  ExpressionSets have one additional column compared to the ExpressionSet objects produced by addGeneInfo, i.e. column 2 of the pipeline ExpressionSets corresponds to column one of an addGeneInfo ExpressionSet.
每个人都应该使用列名featureData的下标（例如featureData(a4ALL)$Entrez ID;，管道ExpressionSets一个额外的列由addGeneInfo生产的ExpressionSet的对象相比，即管道ExpressionSets列第一列对应的addGeneInfoExpressionSet。


作者（S）----------Author(s)----------


Tobias Verbeke, Steven Osselaer



举例----------Examples----------


  library(ALL)
  data(ALL)
  a4ALL <- addGeneInfo(ALL)
  head(featureData(a4ALL)$`Entrez ID`)

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