R语言 rphast包 fix.start.stop.feat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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fix.start.stop.feat(rphast)
fix.start.stop.feat()所属R语言包：rphast

                                        Fix start and stop signals...
                                         修复启动和停止信号...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Fix start and stop signals
修复启动和停止信号


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
An object of type feat.  CDS regions must be present with type "CDS", and the transcript_id must be indicated in the attribute field. Start and stop codons should have feature type "start_codon" and "stop_codon" (as produced by addSignals.feat).
的对象类型feat。 CDS区域必须是本型“CDS”的，和transcript_id必须在属性字段中的表示。启动和终止密码子应具备的功能型“start_codon”和“stop_codon”（产生addSignals.feat）。


值----------Value----------

An object of type feat, in which CDS regions are ensured to
对象类型feat，其中CDS区域保证


注意----------Note----------


（作者）----------Author(s)----------


Melissa J. Hubisz and Adam Siepel



实例----------Examples----------


require("rphast")
exampleArchive <- system.file("extdata", "examples.zip", package="rphast")
featFile <- "gencode.ENr334.gp"
unzip(exampleArchive, featFile)
f <- read.feat(featFile)
f <- add.signals.feat(f)
# let's just look at one gene[让我们看一个基因]
geneNames <- tagval.feat(f, "transcript_id")
f <- f[geneNames==geneNames[1],]

# This features file already is correct, so let's mess it up to see[此功能的文件已经是正确的，让我们搞砸了，看看]
# how fix.start.stop can fix it:[如何fix.start.stop可以解决此问题：]

#modify first CDS to not include start[修改不包括开始的第一CDS]
startCodon <- f[f$feature=="start_codon",]
firstCds <- which(f$feature=="CDS" &amp; f$start==startCodon$start)
f[firstCds,]$start <- startCodon$end+1
#modify last CDS to include stop[修改最后的CDS，包括停止]
stopCodon <- f[f$feature=="stop_codon",]
lastCds <- which(f$feature=="CDS" &amp; f$end+1==stopCodon$start)
f[lastCds,]$end <- stopCodon$end
# now call fix.start.stop to fix[，现在请fix.start.stop修复]
f.fixed <- fix.start.stop.feat(f)

# first CDS has been fixed to include start codon[第一CDS已得到修复，包括起始密码子]
f[firstCds,]
f.fixed[firstCds,]
# last CDS has been fixed to not include stop codon[最后CDS已得到修复，不包括终止密码子]
f[lastCds,]
f.fixed[lastCds,]

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