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rococo.test-methods(rococo)
rococo.test-methods()所属R语言包：rococo

                                        Robust Gamma Rank Correlation Test
                                         强大的伽玛等级相关检验

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Methods performing a robust gamma rank correlation test
执行一个强大的伽玛等级相关检验方法


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'numeric,numeric'
rococo.test(x, y,
  similarity=c("linear", "exp", "gauss", "epstol", "classical"),
  tnorm="min", r=0, numtests=1000, storeValues=FALSE, exact=FALSE,
  alternative=c("two.sided", "less", "greater"))
## S4 method for signature 'formula,data.frame'
rococo.test(x, y, na.action, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a numeric vector or a formula; compulsory argument
一个数值向量或公式，强制性的参数


参数：y
compulsory argument; if x is a vector, y must be vector of the same length as x. If x is a formula, y must be a data frame.
强制参数; x如果是一个向量，y必须是矢量相同长度的x。如果x是一个公式，y的必须是数据框。


参数：similarity
a character string or a character vector identifying which type of similarity measure to use; see rococo for more details.
字符串或者字符向量确定使用哪种类型的相似性度量; rococo更多的细节。


参数：tnorm
t-norm used for aggregating results; see rococo for more details.
t-模用于汇总结果看到rococo更多的细节。


参数：r
numeric vector defining the tolerances to be used; see rococo for more details.
数字矢量定义的公差使用; rococo更多的细节。


参数：numtests
number of random shuffles to perform; see details below.
随机洗牌执行，详见下文。


参数：storeValues
logical indicating whether the vector of test statistics should be stored in the output object (in slot perm.gamma, see RococoTestResults).
逻辑指示是否应该被存储在输出对象的检验统计量的矢量（在槽perm.gamma，请参阅RococoTestResults）。


参数：exact
logical indicating whether exact p-value should be computed; see details below.
逻辑指示是否应计算精确p值，详见下文。


参数：alternative
indicates the alternative hypothesis and must be one of "two.sided", "greater", or "less". Abbreviations are allowed as long as they are unique. "greater" corresponds to positive association, "less" to negative association.
表示另一种假设，必须有一个"two.sided"，"greater"或"less"。缩写被允许的，只要它们是唯一的。 "greater"对应于正相关，"less"呈负相关。


参数：na.action
a function which indicates what should happen when the data contain NA's.  Defaults to getOption("na.action").
一个函数，它表示当数据包含NA的，应该发生什么。默认为getOption("na.action")的。


参数：...
all parameters specified are forwarded internally to the method rococo.test with signature numeric,numeric.
指定的所有参数内部转发的方法rococo.test与签名numeric,numeric。


Details

详细信息----------Details----------

If called for numeric vectors, rococo.test computes the robust gamma rank correlation coefficient of x and y according to the specified parameters (see rococo) and then performs a permutation test to compute a p-value. If exact=TRUE, rococo.test attempts to compute an exact p-value and ignores the numtests argument. This is done by considering all possible permutations and computing the ratio of permutations for which the test statistic is at least as large/small as the test statistic for unshuffled data. This works only for 10 or less samples. Otherwise exact=TRUE is ignored, a warning is issued and random shuffles are considered to estimate the p-value (as follows next). If exact=FALSE, numtests random shuffles of y are performed and the empirical standard deviation of the robust gamma correlation values for these shuffled data sets is computed. Under the assumption that these values are normally distributed around mean zero, the p-value is then computed from this distribution in the usual way. Note that a too small choice of the number of shuffles (parameter numtests) leads to unreliable p-values.
如果数字矢量，rococo.testx和y根据指定的参数（见rococo），然后进行排列测试，以计算出强大的伽玛秩相关系数计算p-值。如果exact=TRUE，rococo.test试图计算一个精确的p值，而忽略numtests参数。这是通过考虑所有可能的排列和计算的检验统计量是至少为大/小的检验统计量unshuffled数据的排列的比率。这仅适用于10个或更少的样品。否则exact=TRUE被忽略，警告已发行及，随机洗牌被认为是估计的p值（如下下）。如果exact=FALSE，numtests随机洗牌的y进行混洗的数据集和鲁棒伽马相关的值，这些经验标准偏差的计算。的假设下，这些值是正态分布的均值为零周围，p-值，然后计算从这个分布在通常的方式。请注意，一个太小的选择的洗牌的数目（参数numtests）导致不可靠的p-值。

If rococo.test is called for a formula x and a data frame y, then the method checks whether the formula x correctly extracts two columns from y (see examples below). If so, the two columns are extracted and the robust gamma rank correlation test is applied to them according to the specified parameters.
rococo.test如果公式x和一个数据框被称为y，然后该方法将检查是否公式x正确提取两列y（见下面的例子）。如果是这样的话，在两列中提取和鲁棒伽马秩相关测试被施加给他们，根据指定的参数。

Note that exact=TRUE may result in long computation times for user-defined t-norms.
请注意，exact=TRUE可能会导致在用户自定义的t-模长的计算时间。


值----------Value----------

Upon successful completion, the function returns an object of class RococoTestResults containing the results.
成功完成后，该函数返回一个对象类RococoTestResults的结果。


（作者）----------Author(s)----------


Martin Krone & Ulrich Bodenhofer
<a href="mailto:rococo@bioinf.jku.at">rococo@bioinf.jku.at</a>



参考文献----------References----------


U. Bodenhofer and F. Klawonn (2008). Robust rank correlation coefficients on the basis of fuzzy orderings:

参见----------See Also----------

rococo.test
rococo.test


实例----------Examples----------


## create data[＃创建数据]
f <- function(x)
{
  if (x > 0.9) x - 0.9
  else if (x < -0.9) x + 0.9
  else 0
}
x <- rnorm(25)
y <- sapply(x, f) + rnorm(25, sd=0.1)

## perform correlation tests[＃执行相关测试。]
rococo.test(x, y, similarity="classical", alternative="greater")
rococo.test(x, y, similarity="linear", alternative="greater")
rococo.test(x, y, similarity=c("classical", "gauss"), r=c(0, 0.1),
            alternative="greater", numtests=10000)

## the formula variant[＃公式变种的]
require(datasets)
data(iris)
rococo.test(~ Petal.Width + Petal.Length, iris, similarity="linear",
            alternative="two.sided")

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