R语言 MetaDE包 MetaDE.Read()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

MetaDE.Read(MetaDE)
MetaDE.Read()所属R语言包：MetaDE

                                         Read data sets into R
                                         读取数据集到R

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to import data set(s) into R and reformat it (them) to form required for other functions in MetaDE package.
导入数据集（S）R和格式化（他们）其他功能，在MetaDE包装形式所需的功能。


用法----------Usage----------


MetaDE.Read(filenames, via = c("txt", "csv"), skip,matched=FALSE, log = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：filenames
a character vecter specifying the names of data sets to read data values from. Should be a tab-separated or comma-separated text file, with one row per gene set.  
一个字符指定名称的数据向量上设置读取数据值。应该是一个制表符分隔或逗号分隔的文本文件，每个基因组的一个行。


参数：via
a character to specify the type of data sets. "txt" means tab delimited files and "csv" means comma-delimited files.  
一个字符指定数据集的类型。名为“txt”表示制表符分隔的文件和“CSV”是指用逗号分隔的文件。


参数：skip
a vecter of size K (the number of data sets) composes of 1 or 2. see 'Details'.
一个向量上的大小为K（数据集数）构成的1或2。 “详细信息”。


参数：matched
a logical to specify whether the gene ProbeIDs have been matched into gene symbols in each data set.
逻辑以指定是否已匹配的基因ProbeIDs成在每个数据组中的基因符号。


参数：log
a logical to specify wheter data sets need to be log2-transformed.
逻辑注明数据集需要LOG2转化。


Details

详细信息----------Details----------

The files to be read in should be prepared strictly according following format:<br> If matched is FALSE, column 1 has gene ProbeIds, column 2 has gene symbols, remaining columns are samples. If matched is TRUE, column 1 has gene symbols, remaining columns are samples. If the data set is a survival data, the second row should has the survival time,and third row should have the status of events,and remaining rows are gene expression files . otherwise, the second row should has the labels of samples and remaing rows are gene expression profiles.
要读取的文件中，应严格按照以下格式：<BR>如果matched是FALSE，1列有基因ProbeIds，，，第2列有基因符号，剩余的列样品。如果matched是TRUE，第1列有基因符号，剩余的列样品。如果数据集是一种生存的数据，第二行应该具有的生存时间，应该有排和第三排事件的状态，和剩余的行是基因表达的文件。否则，第二行应该有标签的范例和remaing行是基因的表达谱。

If the ith file is a survival data,the corresponding element of skip should be 2, otherwise, 1.
如果第i个文件是一种生存的数据，相应的元素skip应该是2，否则，1。

The user can prepare the files according the structure of files wrote out using the example file.
用户可以准备的文件，根据文件写了使用的示例文件的结构。


值----------Value----------

a list of studies. Each study is a list with components:<br>
的研究报告列表。每个研究是一个参考的组件列表：

x: the gene expression matrix.
×：基因表达的矩阵。

y: the outcome.
Y：的结果。

censoring.status: the censoring status. This only for survival data.
censoring.status：设限的状态。这唯一的生存数据。

symbol: the gene symbols. This is only for un-matched raw data.
符号：基因符号。这是不匹配的原始数据。


（作者）----------Author(s)----------



Jia Li and Xingbin Wang




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

MetaDE.match, MetaDE.rawdata
MetaDE.match，MetaDE.rawdata


实例----------Examples----------


#================example test MetaDE.Read ==================================================#[================例如的测试MetaDE.Read ============================= =====================＃]
setwd(tempdir())
label1<-rep(0:1,each=5)
label2<-rep(0:1,each=5)
exp1<-cbind(matrix(rnorm(5*20),20,5),matrix(rnorm(5*20,2),20,5))
exp2<-cbind(matrix(rnorm(5*20),20,5),matrix(rnorm(5*20,1.5),20,5))
rownames(exp1)<-paste("g1",1:20,sep="_")
rownames(exp2)<-paste("g2",1:20,sep="_")
study1<-rbind(label1,exp1)
study2<-rbind(label2,exp2)
write.table(study1,"study1.txt",sep="\t")
write.table(study1,"study2.txt",sep="\t")
mydata<-MetaDE.Read(c("study1","study2"),via="txt",skip=rep(1,2),matched=TRUE,log=FALSE)
#================Non-matched  =============================================================#[================非匹配=============================== ==============================＃]
label1<-rep(0:1,each=5)
label2<-rep(0:1,each=5)
exp1<-cbind(matrix(rnorm(5*20),20,5),matrix(rnorm(5*20,2),20,5))
exp2<-cbind(matrix(rnorm(5*20),20,5),matrix(rnorm(5*20,1.5),20,5))
rownames(exp1)<-paste("g1",1:20,sep="_")
rownames(exp2)<-paste("g2",1:20,sep="_")
symbol1<-sample(c("SST","VGF","CNP"),20,replace=TRUE)
symbol2<-sample(c("SST","VGF","CNP"),20,replace=TRUE)
study1<-cbind(c(NA,symbol1),rbind(label1,exp1))
study2<-cbind(c(NA,symbol2),rbind(label2,exp2))
setwd(tempdir())
write.table(study1,"study1.txt",sep="\t")
write.table(study2,"study2.txt",sep="\t")
mydata<-MetaDE.Read(c("study1","study2"),via="txt",skip=rep(1,2),log=FALSE)



转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。