新一代测序数据中生物信息相关两大问题：计算问题和推理问题

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这些问题是紧密联系的，概括起来，可以总结为两类科学问题，我们称之为新一代测序数据的计算问题和推理问题。
所谓计算问题，主要包括通过对数据模型的认识改进数据处理质量，通过对算法、软件、存储和计算机体系结构、服务模式等的研究提高数据处理效率和能力等；
所谓推理问题，则是指通过对生物问题和测序数据特点两方面的深入研究，对于多种类型的新一代测序数据，提出和发展有效提取生物学信息的理论和方法，提出和发展整合多种组学数据的理论和方法，提出和发展定量描述复杂生物网络、系统及动态演化的理论与方法，并将这些理论与方法应用到细胞分化、癌症发生发展等复杂生物过程调控系统的解析和建模上，获得新的生物学认识。
换句话说，这里的计算问题就是怎样改进和提高超大规模测序数据的处理方法和处理能力，推理问题就是怎样从复杂的测序数据中获取知识和规律。对这两类问题的研究相辅相成，构成了我们拟研究的新一代生物信息学理论与方法。