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作为进入其他生命科学网络资源的门户的ExPasy网上的海量信息已经给生物学家创造了很多便利的条件,同时也不免让人陷入不知从何开始的困惑。一般来说，生物学家最迫切的问题之一就是如何把不同网站上提供的最新的信息和陈旧的信息,低质量的数据区分开来；为了解决这些问题，ExPasy收集大量的信息。为生物学家提供下面一系列的工具和链接来解决信息时代的困惑。
Amos' WWW 网站(http://www.expasy.org/alinks.html)
超过1000以上的生命科学网络资源,更新得很快,针对不同的特定领域组织成不同的分类.
WORLD-2DPAGE(http://www.expasy.org/ch2d/2d-index.html)
所有已知的二维凝胶电泳网络数据库服务器的列表及其相关的服务.
BioHunt(http://www.expasy.org/BioHunt)
提供一个在互联网上检索分子生物学数据的服务.
2DHunt(http://www.expasy.org/ch2d/2Dhunt)
二维凝胶电泳相关站点的专门索引
其他一些有用的ExPasy特性
Biochemical Pathways(http://www.expasy.org/tools/pathways)
是Boehringer Mannheim的"生物化学途径"的一个有索引,数字化,可以点击的版本.
允许用户检索图形化表示的代谢途径,可以直接连接到ENZYME数据库上.
DeepView(Swiss-Pdbviewer)(http://www.expasy.org/spdbv)
一个可以在Windows,Mac OS,SGI 和Linux多平台下运行的程序,提供了很多的选项用于观
察和操纵蛋白质结构.也可以用作基于web的服务程序，用来显示PDB格式的序列.
Swiss-Pdbviewer可以作为SWISS-MODEL同源建模工具的补充.
2-D PAGE(http://www.expasy.org/ch2d)
关于2D PAGE的信息收集,包括实验原型的详细描述,并提供一个2D凝胶浏览器下载.
Protein Spotlight(http://www.expasy.org/proteinspotlight)
关于一些热点研究的蛋白质或蛋白质组的周期性综述.
Swiss-Quiz(http://www.expasy.org/swiss-quiz)
如果你答对了一个分子生物学的问题,你就有可能得到一块真的瑞士巧克力.
ExPasyBar(http://expasybar.mozdev.org)
一个有用的导航条,可以链接到绝大多数重要的ExPasy 数据库和工具.可以作为免费的
Mozilla浏览器(www.mozilla.org)的插件,可以从这个地址(http://expasybar.mozdev.org)下载.
镜像站点
ExPasy的镜像站点均从位于日内瓦的ExPasy服务器上完全拷贝了所有的信息资源,也同样
的定期进行更新.这有利于那些不能连接到瑞士ExPasy服务器或者连接速度很慢的用户访
问当地的ExPasy服务.截至目前,一共有8个镜像站点
澳大利亚http://au.expasy.org
玻利维亚http://bo.expasy.org
巴西http://br.expasy.org
加拿大http://ca.expasy.org
中国大陆http://cn.expasy.org
韩国http://kr.expasy.org
台湾http://tw.expasy.org
美国http://us.expasy.org
如何引用ExPasy
如果你想在出版物中引用ExPasy,请使用下面的格式:
Gasteiger E., Gattiker A.,Hoogland C.,Ivanyi L.,Appel R.D.,Bairoch A.
ExPasy: the proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis:Nucleic Acids Res.
31:3784-3788(2003)
数据库
ExPasy 是个数据库的集合,主要专注的领域是蛋白质分子和蛋白质组学.Swiss-Prot知
识库是一个经过人工验证的蛋白质序列数据库.致力于提供高质量的注释,最少的冗余,以及
和其他数据库的高度集成.TrEMBL是对Swiss-Prot的补充,EMBL中没集成进Swiss-Prot数
据库的所有序列都经过计算机进行注释并集成进TrEMBL.Swiss-Prot和TrEMBL由SIB(瑞
士生物信息学研究所)和EBI(欧洲分子生物学研究所)共同维护.目前,Swiss-Prot,TrEMBL和
PIR数据库已经联合起来组成了Universal Protein Knowledgebase(UniProt)联盟
PROSITE(http://www.expasy.org/prosite)
是个蛋白质结构域和蛋白质家族数据库,含有生物学上显著的位点(site),模式(pattern)和模体
(profile),可用于鉴定一个未知的蛋白质序列属于哪一个已知的蛋白质家族.
SWISS-2DPAGE(http://www.expasy.org/ch2d)
是由双向聚丙稀酰胺凝胶电泳鉴别的蛋白质数据库.数据来源于很多不同的样本,例如人,鼠,
枯草杆菌,大肠杆菌,酵母等.
ENZYME(http://www.expasy.org/enzyme)
是一个与酶命名的有关信息的集合
SWISS-MODEL(http://swissmodel.expasy.org/repository)
SWISS-MODEL库是个结构蛋白模型的数据库,使用同源建模方法自动产生.
下载服务
所有的ExPasy 数据库, 数据, 和相关的文档都可以从ExPasy 的ftp 匿名下载
(ftp://ftp.expasy.org)此外,下载Swiss-Prot和TrEMBL数据库的不同选项,包括不同的子单元
发行间隔时间和数据格式在http://www.expasy.org/sprot/download.html 都有文档记录
软件和工具
ExPasy工具页(http://www.expasy.org/tools)里面有很多有用的序列分析和蛋白质分析工具
的链接.其中一些工具由ExPasy团队开发,其他的则指向世界上的其他服务网站.
序列和分析工具
BLAST
提供非常快的序列搜索,可用于蛋白质核酸的序列搜索.
ExPasy BLAST服务由EMBnet的瑞士节点维护.BLAST的原始输出经过扩展.
ScanProsite
使用一个序列来检索在所有在PROSITE 数据库中的模式(pattern),模体(profile)和规则
(rule).或者反之,用PROSITE 数据库中的模式(pattern),模体(profile)和规则(rule)来检索
Swiss-Prot,TrEMBL和/或PDB数据库中对应的序列
SWISS-MODEL
一个自动的蛋白质建模服务,如果一个3维结构未知的蛋白质的序列和已知三维结构的蛋白
质的序列有很近的相似关系,那么就可以使用这个工具来构建这个蛋白的3维模型.
ProtParam
计算一个蛋白质序列的理化参数例如氨基酸残基位置,等电点,原子位置等等.
ProtScale
根据一个蛋白质序列上的任何氨基酸的scale来计算和表示一个蛋白质的的模体(profile).
一个amino acid scale 定义是为每种氨基酸赋的一个数值,最常用的scale是疏水或者亲水
性,或者二级结构构像参数等等.目前有50个可用的scale .
RandSeq
产生一个随机的蛋白质序列,基于用户指定的氨基酸位置和序列长度.
Myristoylator
用神经网络的方法预测蛋白质N端的myristoylation
Sulfinator
在蛋白质的序列内预测酪氨酸的硫化位点
Translate
使用6个读码框把核酸序列翻译成蛋白质序列
蛋白质组学工具
AACompIdent
通过蛋白质的氨基酸成分来鉴别一个蛋白质
AACompSim
给定一个Swiss-Prot的序列,查询得到有最高的相似度的序列
Compute PI/MW
计算用户输入的序列或者Swiss-Prot或者TrEMBL数据库中序列的等电点和分子量
FindMod
预测潜在的蛋白质翻译后修饰和蛋白质中潜在的单氨基酸替换.
FindPept
综合分子量的信息、化学修饰，翻译后修饰等其他信息共同来鉴定蛋白
GlycanMass
计算oligosaccharide结构的mass
GlycoMod
预测可能的oligosaccharide结构.
PeptideCutter
预测给定蛋白序的蛋白酶剪切位点和化学剪切位点
PepIndent ,tagIndent, MultiIndent
使用很多不同的实验信息来鉴定一个蛋白质,例如等电点,分子量,氨基酸组成,部分序列标记,
和肽的质谱数据.(peptide mass fingerprinting data)
参考:
*EMBnet- European Molecular Biology Network是一个主要位于欧洲的生物信息学服务支
持网络. 提供培训课程和其他对于生物信息软件用户的服务. 网址是
http://www.embnet.org
以上转自互联网，个人比较常用的是Proteomics Tools板块以及ENZYME引擎。 |
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发表于 2011-8-1 16:17:56