从氨基酸组成辨识蛋白质

xiaoliu

根据组成蛋白质的 20 种氨基酸的物理和化学性质可以分析电泳等实验中的未知蛋
白质，也可以分析已知蛋白质的物化性质。ExPASy 工具包中提供了一系列相应程
序：
AACompIdent：根据氨基酸组成辨识蛋白质。这个程序需要的信息包括：氨基酸组
成、蛋白质的名称(在结果中有用)、pI 和  Mw(如果已知)以及它们的估算误差、所
属物种或物种种类或“全部(ALL)”、标准蛋白的氨基酸组成、标准蛋白的  SWISS-
PROT 编号、用户的 Email 地址等，其中一些信息可以没有。这个程序在  SWISS-
PROT 和(或)TrEMBL 数据库中搜索组成相似蛋白。
AACompSim：与前者类似，但比较在 SWISS-PROT 条目之间进行。这个程序可以
用于发现蛋白质之间较弱的相似关系。
除了 ExPASy 中的工具外，PROPSEARCH 也提供基于氨基酸组成的蛋白质辨识功
能。程序作者用 144 种不同的物化性质来分析蛋白质，包括分子量、巨大残基的含
量 、 平均 疏 水 性、 平 均 电荷 等 ， 把查 询 序 列的 这 些 属性 构 成 的 “查 询向 量 ”与
SWISS-PROT 和 PIR 中预先计算好的各个已知蛋白质的属性向量进行比较。这个
工具能有效的发现同一蛋白质家族的成员。可以通过  Web 使用这个工具，用户只
需输入查询序列本身。
ExPASy 的网址是：http://www.expasy.ch/tools/。

PROSEARCH
的网址是：http://www.embl-heidelberg.de/prs.html。

xiaoyuer703

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