多序列比对 CLUSTALW介绍

xiaoliu

多序列比对
顾名思义，多序列比对就是把两条以上可能有系统进化关系 的序列 进行比 对的方
法。目前对多序列比对的研究还在不断前进中，现有的大多数算法都基于渐进的比
对的思想，在序列两两比对的基础上逐步优化多序列比对的结果。进行多序列比对
后可以对比对结果进行进一步处理，例如构建序列模式的 profile，将序列聚类构建
分子进化树等等。
目前使用最广泛的多序列比对程序是 CLUSTALW(它的 PC 版本是 CLUSTALX)。
CLUSTALW 是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应
序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序
列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建
比对，直到所有序列都被加入为止。
CLUSTALW 的程序可以自由使用，在 NCBI 的 FTP 服务器上可以找到下载的软件
包。CLUSTALW 程序用选项单逐步指导用户进行操作，用户可根据需要选择打分
矩阵、设置空位罚分等。EBI 的主页还提供了基于 Web 的  CLUSTALW 服务，用
户可以把序列和各种要求通过表单提交到服务器上，服务器把计算的结果用 Email
返回用户。
CLUSTALW 对输入序列的格式比较灵活，可以是前面介绍过的  FASTA 格式，还
可以是 PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF 等格式。输出格式也
可以选择，有 ALN、GCG、PHYLIP 和 GDE 等，用户可以根据自己的需要选择合
适的输出格式。
用 CLUSTALW 得到的多序列比对结果中，所有序列排列在一起，并以特定的符号
代表各个位点上残基的保守性，“*”号表示保守性极高的残基位点；“.”号代表保守
性略低的残基位点。
EBI 的 CLUSTALW 网址是：http://www.ebi.ac.uk/clustalw/。
下载 CLUSTALW 的网址是：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/。

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“*”号表示保守性极高的残基位点；“.”号代表保守性略低的残基位点。
那两个点和一个点的具体表示什么呢？