如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性

moshengren

提到序列比对，绝大多数战友都会想到 BLAST，但 BLAST 的使用确实又是一个很大的难题，因为他的功能比较强悍，里面涉及到的知识比较多，而且比对结束后输出的结果参数（指标）又很多。如果把 BLAST 的使用详细的都讲出来，我想我发帖发到明天也发不完，更何况我自己也不是完全懂得 BLAST 的使用。所以我在这里也就“画龙点睛”——以比对核酸序列
为例来给大家介绍一下 BLAST 的使用也算是 BLAST 的入门课程吧。请看帖的战友好好体会，如果你用心看，在看帖完毕之后 BLAST 的基本使用（包括其他序列的比对）应该没有问题了。


1．打开 BLAST 页面，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/打开后如图所示：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/08/clip_image001.jpg 对上面这个页面进行一下必要的介绍：


BLAST 的这个页面主体部分（左面）包括了三部分：BLAST AssembledGenomes、Basic BLAST、Specialized BLAST。相信大家可以看懂这三个短语的意思，我就不多了；我要说的是，可以认为这是三种序列比对的方法，或者说是 BLAST 的三条途径。





第一部分 BLAST Assembled Genomes 就是让你选择你要比对的物种，点击相应物种之后即可进入比对页面。


第二部分 Basic BLAST 包含了 5 个常用的 BLAST，每一个都附有简短的介绍。


第三部分 Specialized BLAST 是一些特殊目的的 BLAST，如 IgBLAST、SNP 等等，这个时候你就需要在 Specialized BLAST 部分做出适当的选择了。


总之，这是一个导航页面，它的目的是让你根据自己的比对目的选择相应的 BLAST 途径。 下面以最基本的核酸序列比对来谈一下 BLAST 的使用，期间我也会含沙射影的说一下其他序列比对的方法。


2． 点击 Basic BLAST 部分的nucleotide blast 链接到一个新的页面。打开后如图所示：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/10/clip_image001.jpg 介绍一下上述页面：



Enter Query Sequence

部分是让我们输入序列的，你可以直接把序列粘贴进去，也可

以上传序列，还可以选择你要比对的序列的范围（留空就代表要比对你要输入的整个序列）。Job Title 部分还可以为本次工作命一个名字。



Choose Search Set

部分是让我们选择要与目的序列比对的物种或序列种类（genome

DNA、mRNA

等等）。如果是人或 老鼠的话，就可以 直接选择了如果是其 他物种就要选择

“others”了，这时候网页会主动跳出一个下拉对话框和一个输入式对话框，你可以分别选择和输入要跟你的序列比对的序列种类和物种。下面的 Entrez Query 可以对比对结果进行
适当的限制。


Program Selection 部分其实是让我们选择本次比对的精确度，种内种间等等。


在 BLAST 按钮下面有一个“Algorithm parameters” ，这是参数设置选项，一般用户
使用不到此项，所以它比较隐蔽，点击，原网页下方即可增加了 Algorithm parameters 的
内容。大部分战友都用不到更改这里面的选项，我也不多说了，有兴趣的朋友可以自己研究
一下。


3．依次填写上述网页必须部分，点击 BLAST 按钮后，出现如下界面（只截取其中一部
分）：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/11/clip_image001.jpg 出现的这个结果页面信息含量非常大，如果我们用心观察，还是可以发现其中的一些主要指标的。列举上图也是为了给大家展示一下这些评价标准。其中Description 部分推荐大家详细看一下，另外说一下“E value” 这个指标与其他指标不同，它的数值越小相似程度越高，其他几个（如 Totle score）都是数值越高相似度越高。


在这个图示的表格下方就是具体的相似性的核酸序列了，还配合着各种参数的得分。