运用 STS 查找已经公布的引物序列

moshengren

第三部分 运用 STS 查找已经公布的引物序列 STS，序列标签位点（Sequence Tagged Site）：一段短的 DNA 序（200－500 个碱基对），这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基顺序都是已知的。在 PCR 反应中可以检测处STS 来，STS 适宜于作为人类基因组的一种地标，据此可以判定 DNA 的方向和特定序列的相对位置。


以上内容基本是 STS 的定义，我主张活学活用，下面就介绍一下我个人用 STS 数据库查找引物的一点经验。 还是使用人的 IL6 基因为例
1． 打开 NCBI 主页，在 Search 后面的下拉菜单选择 UniSTS，在 FOR 后面填写目的基因。 操作完毕如图所示：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/02/clip_image001.jpg 点击 GO 以后出现以下页面
file:///C:/Documents%20and%20Settings/Administrator/Application%20Data/Tencent/Users/50871181/QQ/WinTemp/RichOle/ERY%25DV%7DJ%7D5%25XH2T_VVK_ITH.jpg
这是你会发现 NCBI 又提供了很多序列，下面我们还是要初步筛选我们需要的序列
2．根据物种、目的阴物所在染色体的位置等选择相应序列（可能不只一个），点击。
下面以点击第一个进入的画面为例。

file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/04/clip_image001.jpg 你会发现这个页面直接就给出了引物序列，PCR 之后的片段长度也是给了的（247bp）。
下面还有很多相关的信息……
3．点击 GeneBank Accession 后面的代码，进入下一个页面。
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/05/clip_image001.jpg 前后引物都呈现在眼前了，还有反应体系和反应条件！其中 Primer A 是前引物序
列，Primer B 则是后引物序列，并且给出了他们在 DNA 序列中的位置。有兴趣的朋友可以在序列中找一下，是可以找到的， 不过要注意，PCR 是双链扩增，在序列中可以直接找到的是 Primer A 的原序列 和 Primer B 的互补序列。


在步骤二里面我只点开了一个序列，继续打开其他的可能还会有对自己有用的引物，不过这要你自己慢慢发掘了。


这种寻找引物的方法有点投机取巧的味道，实用程度不是很高，但如果这里面恰好有你想 P 的片段的话，恭喜你，这些引物都是很成熟的引物，可以直接拿过来使用了。


如果想寻找引物，大家可以查阅相关论文，已经报道的引物我们为什么不呢？！既省时间，可靠性又强。


如果这两种方法都不能找到你需要的引物的话，那就自己设计吧，建议使用Primer 5 和 Oligo。

jujushen

非常好用的总结帖，要是像这样的数据库都有这样的中文介绍就好了