如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列

moshengren

第二部分

如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列（依然以人类的IL6为例）


1．进入NCBI
主页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面选择Gene，在for后面填写需要查找的基因的名字。如图所示：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/01/clip_image001.jpg

点击“Go”，出现以下界面：

file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/05/clip_image001.jpg  
出现了很多基因序列，在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接，这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是别名（Other Aliases）与你的目的基因一致，根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的 IL6 是标号为 2 的序列。

2.1   查找 cDNA 序列
2.1.1   点击 Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/08/clip_image001.jpg  

2.1.2

点击
Clone Sequence后面的链接即可得到cDNA序列。点击后如图所示（只抓取其中一部分）：
file:///c:/documents%20and%20settings/administrator/application%20data/tencent/users/50871181/qq/wintemp/richole/($0t%60tpn(3)l84~(%25$3t%7D~g.jpg
2.2

查找mRNA、蛋白序列回到步骤1点击“Go”之后出现的页面，点击目的基因的名字，出现以下页面(只抓取相关部分）
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/13/clip_image001.jpg 页面的下半部分，即可以获取 mRNA 和蛋白序列的部分：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/15/clip_image001.jpg 找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”，它分为几个板块，第一个“mRNA and Protein   ”区可以让我们找到连续的编码 mRNA 序列和蛋白序列。在 mRNA and Protein下面有两个序列代码（中间划有一个箭头），这代表了 mRNA 序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示，mRNA 序列：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/18/clip_image001.jpg 蛋白序列如下：
file:///c:/docume~1/admini~1/locals~1/temp/msohtml1/20/clip_image001.jpg NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是 Reference assembly，它下面显
示的是 Genomic ，点击 Genomic 下面 Reference assembly 对应的 Genbank 或 FASTA 即可出现编码的 DNA 序列（注意：只是编码序列，其中包括内含子，但一般没有 5‘非编码区）。这一步就不做贴图演示了吧，呵呵。


这样我们就可以找到基因的 cDNA 序列、连续的编码 mRNA 序列、蛋白序列以及含有内
含子的编码 DNA 序列了。相信这些操作对很多战友还是有用的。
  

友情提示：在 NCBI 里打开的每一个页面都会给我们提供大量的信息，大家不妨好好看
看，可能会有令我们惊喜的收获！