grpPhylogeo(BoSSA)
grpPhylogeo()所属R语言包：BoSSA
Determine sets of sequence presenting phylogeography signal
确定组序列呈现系统GEO学信号
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
From an alignment of sequence (fasta format) and a csv file with colomns nom (name of the sequence), lon and lat (GPS coordinates in degree.decimals of the longitude and latitude of sampling of the sequence), the function define sets of sequence presenting phylogeography signal using a mantel test between physic and genetic distance matrices.
从排列的顺序（fasta格式格式）和CSV文件colomns NOM（序列名），经度和纬度（全球定位系统坐标degree.decimals采样序列的经度和纬度），该函数的定义使用Mantel检验医学和遗传距离矩阵之间的亲缘GEO学信号序列呈现。
用法----------Usage----------
grpPhylogeo(gbinfo, align, seuil = 0.1, method = "single",
model = "raw", pairwise.deletion=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：gbinfo
name/path of a csv file with information on name (nom colomn) and GPS coordiantes of the sequence (lon and lat colomns)
名称/路径信息名称（NOM colomn）和GPS coordiantes的序列（经度和纬度colomns的一个CSV文件）
参数：align
sequence alignment in fasta format with the same name as those specified in the gbinfo file
FASTA格式的序列比对与那些中指定的gbinfo的文件的名称相同
参数：seuil
significativity threshold for the mantel test
Mantel检验significativity阈值
参数：method
clustering method used; set to "single" by default; See the hclust function for details
聚类方法主要用于设置为默认情况下，“单”功能的详细信息，请参阅hclust
参数：model
DNA evolutionnary model use to compute genetic distance. Set to "raw" by default; See dist.dna (ape package) for details
DNA evolutionnary模型计算遗传距离。设置为默认情况下，“原始”的详细信息，请参见dist.dna（猿包装）
参数：pairwise.deletion
See dist.dna (ape package) for details
有关详细信息，请参见dist.dna（猿包装）
Details
详细信息----------Details----------
The function draw a clustering plot (with physic distance represented) with a red frame arround sequences with significative mantel test for correlation between physic and genetic distance.
该函数绘制的聚类图（代表物理距离），一个红色的框的周围软组织序列有意义的壁炉测试物理和遗传距离之间的相关性。
值----------Value----------
A list of group of sequences with significative correlation between physic and genetic distance is returned.
返回列表组序列有意义的物理和遗传距离之间的相关性。
（作者）----------Author(s)----------
Pierre Lefeuvre
参见----------See Also----------
hclust, dist.dna, mantel.test
hclust，dist.dna，mantel.test
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注：
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发表于 2012-9-15 22:44:17
