Haploview分析的区间限制默认500kb

tomorrow

Haploview打开界面的第一界面有个选项：
     Ignore pairwise comparisons of markers >500 kb apart
这个选项什么意思呢，下面解释一下。
首先，Haploview不可能对任意长度的基因片段进行分析。
比如你输入一段10000kb长度序列内的SNP数据，当然数据要符合输入格式，格式以后再慢慢讨论。haploview的默认设置500kb的意思是任意两个SNP只要他们的物理距离（bp）超过500kb则不计算这两个SNP之间的连锁不平衡（LD）系数r^2或D‘。对于在这个区间范围内的SNP则每两个个SNP之间都计算配对LD系数。
这主要是因为：
一方面是，haploview要计算某个特定长度区间内每两个配对SNP之间的连锁不平衡（LD）系数，会导致计算量非常大，计算机承受不起。
另一方面，是由于染色体在从祖先到现在传递的过程中会发生很多重组，打破了长片段的LD模式，如果两个SNP之间的长度超过500kb，往往认为这两个位点之间发生过足够多的重组，而导致两个位点的等位随机组合，也就是连锁平衡，也因此失去了计算连锁不平衡系数、进行连锁不平衡分析的意义。
当然，如果你也可以不受区间限制，分析所有的SNP，那么请设置为0kb，这样所有的你导入的SNP数据将都会分析，分析任意两个位点间的LD系数。
你要愿意的话可以调的更大如600，或800等，也可以更小一些如50kb，
但一般都设置500kb或300kb。