DNA mRNA 序列分析中FASTA格式

genechip

序列分析中的Fasta格式是最经常看到的格式之一。下面简介说明一下什么是FASTA格式。
Fasta格式开始于一个标识符：”>”，然后是一行描述，下面是一行行的序列。每一行最好不要超过80个字母。
如：

>gi|532319|pir|TVFV2E|TVFV2E envelope protein
ELRLRYCAPAGFALLKCNDADYDGFKTNCSNVSVVHCTNLMNTTVTTGLLLNGSYSENRT
QIWQKHRTSNDSALILLNKHYNLTVTCKRPGNKTVLPVTIMAGLVFHSQKYNLRLRQAWC
HFPSNWKGAWKEVKEEIVNLPKERYRGTNDPKRIFFQRQWGDPETANLWFNCHGEFFYC
KMDWFLNYLNNLTVDADHNECKNTSGTKSGNKRAPGPCVQRTYVACHIRSVIIWLETISK
KTYAPPREGHLECTSTVTGMTVELNYIPKNRTNVTLSPQIESIWAAELDRYKLVEITPIGFAP
TEVRRYTGGHERQKRVPFVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVQSQHLLAGILQQQKNLL
AAVEAQQQMLKLTIWGVK

下面再说一下每个字母或字符所代表的含义。
核苷酸序列：
A --> adenosine
M --> A C (amino)        
C --> cytidine            
S --> G C (strong)        
G --> guanine            
W --> A T (weak)        
T --> thymidine           
B --> G T C        
U --> uridine            
D --> G A T        
R --> G A (purine)        
H --> A C T        
Y --> T C (pyrimidine)   
V --> G C A        
K --> G T (keto)         
N --> A G C T (any)                                 
-  gap of indeterminate length
氨基酸序列：
A  alanine                        
P  proline   
B  aspartate or asparagine         
Q  glutamine   
C  cystine                        
R  arginine   
D  aspartate                       
S  serine   
E  glutamate                       
T  threonine   
F  phenylalanine                  
U  selenocysteine   
G  glycine                        
V  valine   
H  histidine                       
W  tryptophan   
I  isoleucine                     
Y  tyrosine   
K  lysine                          
Z  glutamate or glutamine   
L  leucine                        
X  any   
M  methionine                     
*  translation stop   
N  asparagine                     
-  gap of indeterminate length

northsnow

学习了，有机会参与到蛋白序列分析与应用中

buffaloboy

有机会参与到蛋白序列分析与应用中

ncuskliliping

学习了，谢谢分享！！！

871035504

正在学习，太好了。

sunny_shao

thanks~感谢分享~~