xmap.plot(xmapbridge)
xmap.plot()所属R语言包:xmapbridge
Utility methods for quick graph generation
快速的图形生成的实用方法
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
These methods attempt to provide a simpler interface for generating X:Map graphs.
这些方法尝试用于生成X提供了一个简单的界面:图图。
用法----------Usage----------
xmap.plot( x, y, species=c("homo_sapiens","mus_musculus","rattus_norvegicus"),
chr, xlim, ylim, main, sub,
type=c("scatter", "line", "bar", "step", "area", "steparea"),
xlab, ylab = "value", col, dp=2, projectid )
xmap.points( x, y, type=c("scatter", "line", "bar", "step", "area", "steparea"),
xlab, col, dp=2, graphid )
参数----------Arguments----------
参数:x
The points for the x-axis of this plot. These points must be offsets from the start of the graph, and not their actual chromosomal location
这个图的X-轴点。这些点必须从图开始偏移,而不是其实际的染色体定位
参数:y
The points for the y-axis of this plot. Points where min>y or y >max will not be displayed
这个图的Y轴点。分> Y或y>最大将不显示点
参数:species
The species that this graph is to be drawn on
,这个图是要绘制的物种
参数:chr
A string representing the chromosome this graph is to be drawn on
要绘制一个字符串,表示染色体图
参数:xlim
A range object describing the min and max BP for this graph. If ommitted, we call range on the x parameter
此图描述的最小和最大的BP一个范围对象。如果省略,我们称之为x参数范围
参数:ylim
The maximum and minimum Y value for the graph. If ommitted, we call range on the y parameter
图的最大和最小的Y值。如果省略,我们称之为y参数范围
参数:main
The main title
主标题
参数:sub
A sub-title for this graph
此图的一个副标题
参数:type
The type of graph you wish to draw
你想画的图表类型
参数:xlab
The label for this plot
这个图的标签
参数:ylab
The label for the yaxis of this graph
这个图表的Y轴的标签
参数:col
The colour of the graph defined as an integer in the format 0xAARRGGBB. See xmap.col
图形的颜色定义为0xAARRGGBB格式的整数。看到xmap.col
参数:dp
The number of decimal places you want to save for the y-coordinates
你要保存的y坐标的小数位数
参数:projectid
The projectid (returned by xmap.project.new and as a list from xmap.project.list. If this is not passed, on the first time of calling a new project will be created, and will be used on all subsequent calls)
的projectid(xmap.project.new“作为一个从xmap.project.list。如果不获通过,这是第一次调用一个新的项目将被创建,将被用于所有后续调用列表返回)
参数:graphid
The graphid returned by xmap.graph.new or xmap.graph.list. If this is not passed, it will use the last graph generated by xmap.plot.
的xmap.graph.new或xmap.graph.listgraphid返回。如果这是不获通过,它将使用xmap.plot产生最后的图形。
作者(S)----------Author(s)----------
Tim Yates
参见----------See Also----------
xmap.col<br> xmap.project.new<br> xmap.project.list<br> xmap.project.load<br> xmap.project.save<br> xmap.project.delete<br> xmap.graph.new<br> xmap.graph.list<br> xmap.graph.load<br> xmap.graph.save<br> xmap.graph.delete<br> xmap.plot.new<br> xmap.plot.list<br> xmap.plot.load<br> xmap.plot.save<br> xmap.plot.delete<br>
xmap.col参考xmap.project.new参考xmap.project.list参考xmap.project.load参考xmap.project.save参考xmap.project.delete参考xmap.graph.new参考xmap.graph.list参考xmap.graph.load参考xmap.graph.save参考xmap.graph.delete参考xmap.plot.new参考xmap.plot.list 参考xmap.plot.load参考xmap.plot.save参考xmap.plot.delete参考
举例----------Examples----------
x <- seq( 1000, 100000, by = 1000 )
y <- runif( length( x ), -10, 10 )
# This will create a new project, and graph, and add a plot to it[这将创建一个新的项目,和图形,并添加一个图]
xmap.plot( x, y, species="homo_sapiens", "1", main="A quick graph",
sub="Sub heading", type="area", xlab="Plot 1", col=0xAAFFBB00 )
# This will add another plot to the same graph[这将添加另一个图相同的图]
xmap.points( x, y, type="area", xlab="Plot 2", col=0xAA0000FF )
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