R语言 XDE包 xde()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

xde(XDE)
xde()所属R语言包：XDE

                                        Fit the Bayesian hierarchical model for cross-study differential
                                         适合交叉研究差贝叶斯层次模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Fits the Bayesian hierarchical model for cross-study differential gene expression.
适合的交叉研究基因差异表达的贝叶斯层次模型。


用法----------Usage----------



  xde(paramsMcmc, esetList, outputMcmc, batchSize=NULL, NCONC=2,
  center=TRUE, ...)




参数----------Arguments----------

参数：paramsMcmc
Object of class XdeParameter
对象类XdeParameter


参数：esetList
Object of class ExpressionSetList
对象类ExpressionSetList


参数：outputMcmc
Object of class XdeMcmc (optional)
对象的类XdeMcmc（可选）


参数：batchSize
Integer or NULL.  The number of iterations written to log files before summarizing the chain and then removing. Experimental.
整数或NULL。总结链，然后删除之前写入log文件的迭代数。实验。


参数：NCONC
The number of studies for which a gene must be differentially expressed in the same direction to be considered as concordantly differentially expressed.
多项研究，其中一个基因的差异必须被视为同一个方向，和谐地差异表达的表达。


参数：center
Logical.  If TRUE, each study is centered to have mean zero.
逻辑。如果是TRUE，每个研究中心有意味着零。


参数：...
Additional arguments passed to xdeFit.
额外的参数传递到xdeFit。


Details

详情----------Details----------

Details for fitting the Bayesian model are discussed elsewhere (see citation below and XdeParameterClass vignette)
其他地方装修贝叶斯模型的详细讨论（见引用下面和XdeParameterClass暗角）

If an integer is specified for the batchSize, summary statistics for the log-files are calculated for every batchSize iterations.  The log files are then removed and the next iteration will start a new log file.  This allows one to do many iterations without creating enormous log files.  This is only reasonable to do if one has already assessed convergence.
如果一个整数BATCHSIZE指定log文件的汇总统计每BATCHSIZE的迭代计算。然后删除log文件，并在下一次迭代将开始一个新的log文件。这允许一个多次迭代离不开创造了巨大的log文件。这是唯一合理的做，如果一个已经评估收敛。


值----------Value----------

Object of class XdeMcmc
对象类XdeMcmc


注意----------Note----------

See the vignettes for XdeParameterClass and XDE.
看到为XdeParameterClass和XDE的护身符。


作者（S）----------Author(s)----------


R. Scharpf



参考文献----------References----------

Expression, JASA 2009, p1295–1310.

参见----------See Also----------

XdeMcmc-class, XdeParameter-class, ExpressionSetList-class
XdeMcmc-class，XdeParameter-class，ExpressionSetList-class


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
  data(expressionSetList)
  xparam <- new("XdeParameter", phenotypeLabel="adenoVsquamous", esetList=expressionSetList)
  iterations(xparam) <- 10
  fit <- xde(xparam, esetList=expressionSetList)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。