R语言 xcms包 xcmsSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

xcmsSet(xcms)
xcmsSet()所属R语言包：xcms

                                        Constructor for xcmsSet objects which finds peaks in NetCDF/mzXML files
                                         发现在创建NetCDF / mzXML文件峰xcmsSet对象的构造函数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function handles the construction of xcmsSet objects. It finds peaks in batch mode and pre-sorts files from subdirectories into different classes suitable for grouping.
这个函数处理xcmsSet对象的建设。它找到合适的不同类别进行分组峰在批处理模式和子目录前各种文件。


用法----------Usage----------


xcmsSet(files = NULL, snames = NULL, sclass = NULL, phenoData = NULL,
        profmethod = "bin", profparam = list(),
        polarity = NULL, lockMassFreq=FALSE,
                mslevel=NULL, nSlaves=0, progressCallback=NULL,...)



参数----------Arguments----------

参数：files
path names of the NetCDF/mzXML files to read
NetCDF的/ mzXML文件的路径名读取


参数：snames
sample names
样品名称


参数：sclass
sample classes
样本类


参数：phenoData
sample names and classes
样品名称和类


参数：profmethod
method to use for profile generation
方法使用个人资料的代


参数：profparam
parameters to use for profile generation
参数使用个人资料的代


参数：polarity
filter raw data for positive/negative scans
正/负扫描过滤的原始数据


参数：lockMassFreq
Performs correction for Waters LockMass function
执行校正水域LockMass功能


参数：mslevel
perform peak picking on data of given mslevel
高峰期采摘执行给予mslevel的数据


参数：nSlaves
number of slaves/cores to be used for parallel peak detection. MPI is used if installed, otherwise the snow package is employed for multicore support.
可用于并行峰值检测站/核心数。 MPI是，如果安装使用，否则雪包就业多核支持。


参数：progressCallback
function to be called, when progressInfo changes (useful for GUIs)
函数被调用，当progressInfo变化（图形用户界面）


参数：...
further arguments to the findPeaks method of the xcmsRaw class  
findPeaksxcmsRaw类的方法的进一步参数


Details

详情----------Details----------

The default values of the files, snames, sclass, and phenoData arguments cause the function to recursively search for readable files. The filename without extention is used for the sample name. The subdirectory path is used for the sample class. If the files contain both positive and negative spectra, the polarity can be selected explicitly. The default (NULL) is to read all scans.
默认值files，snames，sclass，phenoData参数导致函数递归搜索可读的文件。没有延伸档名是用于样品名称。用于样品类的子目录路径。如果文件中包含的正面和负面的光谱，可以选择极性明确。默认值（NULL）读取所有扫描。

The lock mass correction allows for the lock mass scan to be added back in with the last working scan. This correction gives better reproducibility  between sample sets.
锁的质量校正允许的锁质量扫描加回过去的工作扫描。此校正样本集之间提供更好的重复性。


值----------Value----------

A xcmsSet object.
一个xcmsSet对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Colin A. Smith, <a href="mailto:csmith@scripps.edu">csmith@scripps.edu</a>



参见----------See Also----------

xcmsSet-class, findPeaks, profStep, profMethod, xcmsPapply
xcmsSet-class，findPeaks，profStep，profMethod，xcmsPapply

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