R语言 xcms包 stitch-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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stitch-methods(xcms)
stitch-methods()所属R语言包：xcms

                                        Correct gaps in data
                                         在数据的正确差距

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Fixes gaps in data due to calibration scans or lock mass. Automatically detects file type and calls the relevant method. The mzXML file keeps the data the same length in time but  overwrites the lock mass scans. The netCDF version adds the scans back into the data thereby increasing the length of the data and correcting for the unseen gap.
数据修复由于校准扫描或锁质量的差距。自动检测文件类型，并调用相关的方法。 mzXML文件保存数据在同一时间的长度，但覆盖的锁质量扫描。 NetCDF的版本增加了扫描数据，从而提高了数据的长度和纠正看不见的差距。


参数----------Arguments----------

参数：object
An xcmsRaw-class object
xcmsRaw-class对象


参数：lockMass
A dataframe of locations of the gaps
差距的位置dataframe


参数：freq
The intervals of the lock mass scans
锁体的间隔扫描


参数：start
The starting lock mass scan location, default is 1
出发锁大规模扫描的位置，默认为1


Details

详情----------Details----------

makeacqNum takes locates the gap using the starting lock mass scan and it's intervals. This data frame is then used in stitch to correct for the gap caused by the lock mass. Correction works by using scans from either side of the gap to fill it in.       
makeacqNum需要找出差距开始锁的大规模扫描和它的时间间隔。这个数据框，然后用stitch纠正由锁体造成的缺口。校正的工作原理是利用从差距两侧扫描来填补它。


值----------Value----------

stitch A corrected xcmsRaw-class object makeacqNum A numeric vector of scan locations corresponding to lock Mass scans
stitch修正xcmsRaw-class对象makeacqNum一个相应的扫描位置的数字矢量锁定质谱扫描


方法----------Methods----------

                stitch(object, lockMass=numeric())                
                stitch(object, lockMass=numeric())                

        makeacqNum(object, freq=numeric(), start=1)                
        makeacqNum(object, freq=numeric(), start=1)                


作者（S）----------Author(s)----------


Paul Benton, <a href="mailto:hpaul.benton08@imperial.ac.uk">hpaul.benton08@imperial.ac.uk</a>



举例----------Examples----------


        ## Not run: library(xcms)[＃不运行：图书馆（xcms）]
                library(faahKO) ## These files do not have this problem to correct for but just for an example[＃这些文件不会有这个问题，纠正，但只是一个例子]
                cdfpath <- system.file("cdf", package = "faahKO")
                cdffiles <- list.files(cdfpath, recursive = TRUE, full.names = TRUE)
                xr<-xcmsRaw(cdffiles[1])
                xr
                ##Lets assume that the lockmass starts at 1 and is every 100 scans[＃假设，lockmass从1开始，每100次]
                lockMass<-xcms:::makeacqNum(xr, freq=100, start=1)
                ## these are equcal[＃这是equcal]
                lockmass<-AutoLockMass(xr)
                ob<-stitch(xr, lockMass)
                ob
               
                #plot the old data before correction[绘制校正前的旧数据]
                foo<-rawEIC(xr, m=c(200,210), scan=c(80,140))
                plot(foo$scan, foo$intensity, type="h")
               
                #plot the new corrected data to see what changed[绘制新修正的数据，看到什么改变]
                foo<-rawEIC(ob, m=c(200,210), scan=c(80,140))
                plot(foo$scan, foo$intensity, type="h")
       
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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