R语言 xcms包 peakTable-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

peakTable-methods(xcms)
peakTable-methods()所属R语言包：xcms

                                        Create report of aligned peak intensities
                                         创建对齐峰强度报告

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Create a report showing all aligned peaks.
创建一个报告显示，所有对齐峰。


参数----------Arguments----------

参数：object
the xcmsSet object
xcmsSet对象


参数：filebase
base file name to save report, .tsv file and _eic will be appended to this name for the tabular report and EIC directory, respectively. if blank nothing will be saved  
基本文件名保存报告，.tsv文件和_eic将追加到这个名字的表格报告和EIC目录，分别。如果空白将被保存任何


参数：...
arguments passed down to groupval, which provides the actual intensities.  
参数传递给groupval，它提供的实际强度。


Details

详情----------Details----------

This method handles creation of summary reports similar to diffreport. It returns a summary report that can optionally be written out to a tab-separated file.
这种方法处理创造总结报告类似diffreport的。它返回一个总结报告，可以随意写出一个制表符分隔的文件。

If a base file name is provided, the report (see Value section) will be saved to a tab separated file.
如果基本文件名，提供的报告（见价值部分）将被保存到一个制表符分隔的文件。


值----------Value----------

A data frame with the following columns:
与下面的列的数据框：


参数：mz
median m/z of peaks in the group
中位数M / z在该组峰


参数：mzmin
minimum m/z of peaks in the group
最小m / z在该组峰


参数：mzmax
maximum m/z of peaks in the group
组峰最大的m / z


参数：rt
median retention time of peaks in the group
在该组峰的保留时间中位数


参数：rtmin
minimum retention time of peaks in the group
在该组最低峰的保留时间


参数：rtmax
maximum retention time of peaks in the group
在该组最大峰的保留时间


参数：npeaks
number of peaks assigned to the group
分配给该组的峰


参数：Sample Classes
number samples from each sample class represented in the group  
从每个样品类样本代表在组


参数：...
one column for every sample class
一列，每一个样本类


参数：Sample Names
integrated intensity value for every sample
每个样品的综合强度值


参数：...
one column for every sample
一列每个样品


方法----------Methods----------

peakTable(object, filebase = character(), ...)
peakTable(object, filebase = character(), ...)


参见----------See Also----------

xcmsSet-class,
xcmsSet-class


举例----------Examples----------


        ## Not run: [＃无法运行：]
        library(faahKO)
        cdfpath <- system.file("cdf", package = "faahKO")
        cdffiles <- list.files(cdfpath, recursive = TRUE, full.names = TRUE)
        xs<-xcmsSet(cdf        files)
        xs<-group(xs)
        peakTable(xs, filebase="peakList")
       
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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