R语言 xcms包 collect-methods()函数中文帮助文档(中英文对照)

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collect-methods(xcms)
collect-methods()所属R语言包：xcms

                                        Collect MS^n peaks into xcmsFragments
                                         收集到xcmsFragments MS ^ n的峰

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Collecting Peaks into xcmsFragmentss from several MS-runs using xcmsSet and xcmsRaw.  
收集到xcmsFragments的几座山峰的MS-使用xcmsSet和xcmsRaw运行。


参数----------Arguments----------

参数：object
(empty) xcmsFragments-class object
（空）xcmsFragments-class的对象


参数：xs
A xcmsSet-class object which contains picked ms1-peaks from several experiments   
一个xcmsSet-class挑选几个实验的对象，它包含MS1峰


参数：compMethod
("floor", "round", "none"): compare-method which is used to find the parent peak of a MSnpeak through comparing the MZ-values of the  MS1peaks with the MSnParentPeaks.   
（“地板”，“圆”，“无”）：比较方法用于找到通过比较与MSnParentPeaks的锰锌值的MS1peaks的父MSnpeak峰。


参数：snthresh, mzgap, uniq
these are the parameters for the getspec-peakpicker included in xcmsRaw.   
这些是在xcmsRaw包括getspec peakpicker的参数。


Details

详情----------Details----------

After running collect(xFragments,xSet) The peak table of the xcmsFragments includes the ms1Peaks from all experiments stored in a xcmsSet-object. Further it contains the relevant msN-peaks from the xcmsRaw-objects, which were created temporarily with the paths in xcmsSet.  
峰值表的xcmsFragments运行后收集（xFragments，XSET），包括从实验在xcmsSet对象存储ms1Peaks的。此外，它包含的xcmsRaw对象，暂时与在xcmsSet路径创造了有关MSN峰。


值----------Value----------

A matrix with columns:
一个矩阵的列：


参数：peakID
unique identifier of every peak  
每峰的唯一标识符


参数：MSnParentPeakID
PeakID of the parent peak of a msLevel>1 - peak, it is 0 if the peak is msLevel 1.  
父峰PeakID一个msLevel> 1  - 峰值，它是0如果高峰是msLevel 1，。


参数：msLevel
The msLevel of the peak.  
高峰msLevel。


参数：rt
retention time of the peak midpoint  
保留时间的高峰期的中点


参数：mz
the mz-Value of the peak  
MZ-价值高峰


参数：intensity
the intensity of the peak  
峰的强度


参数：sample
the number of the sample from the xcmsSet  
从xcmsSet样品的数量


参数：GroupPeakMSn
Used for grouped xcmsSet groups
用于分组xcmsSet组


参数：CollisionEnergy
The collision energy of the fragment
碰撞能量的片段


方法----------Methods----------

     collect(object, ...)   
     collect(object, ...)   

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