R语言 VariantAnnotation包 PolyPhenDbColumns()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

PolyPhenDbColumns(VariantAnnotation)
PolyPhenDbColumns()所属R语言包：VariantAnnotation

                                        PolyPhenDb Columns
                                         PolyPhenDb列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Description of the PolyPhen Sqlite Database Columns
描述的PolyPhen SQLite数据库列


列说明----------Column descriptions----------

These column names are displayed when cols is called on a PolyPhenDb object.
当colsPolyPhenDb对象的称为显示这些列名。

rsid : rsid
RSID：RSID

Original query :
原来的查询：

OSNPID : original SNP identifier from user input
OSNPID：原来的SNP从用户输入的标识符

OSNPACC : original protein identifier from user input
OSNPACC：原来从用户输入的蛋白质标识符

OPOS : original substitution position in the protein sequence from user input
OPOS应用：在原有的蛋白质序列替代的位置，从用户输入

OAA1 : original wild type (reference) aa residue from user input
OAA1：原始野生型（参考）从用户输入的AA残留

OAA2 : original mutant (reference) aa residue from user input
OAA2：原突变体（参考）AA用户输入的残留

Mapped query :
映射查询：

SNPID : SNP identifier mapped to dbSNP rsID if available, otherwise same as o_snp_id. This value was used as the  rsid column
SNPID：SNP的标识符映射到dbSNP的RSID如果可用，否则作为o_snp_id相同。这个值被用来作为RSID列

ACC : protein UniProtKB accession if known protein, otherwise same as o_acc
ACC：如果已知的蛋白质，否则像o_acc相同的蛋白质UniProtKB加入

POS : substitution position mapped to UniProtKB protein sequence if known, otherwise same as o_pos
POS机：替代的位置，如果已知UniProtKB蛋白质序列映射到，否则一样o_pos

AA1 : wild type aa residue
AA1：野生型AA残留

AA2 : mutant aa residue
AA2：突变AA残留

NT1 : wild type allele nucleotide
NT1的野生型等位基因核苷酸

NT2 : mutant allele nucleotide
NT2的：突变等位基因的核苷酸

PolyPhen-2 prediction :
PolyPhen-2的预测：

PREDICTION : qualitative ternary classification FPR thresholds
预测：定性三元分类玻璃钢阈值

PolyPhen-1 prediction :
PolyPhen-1预测：

BASEDON : prediction basis
BASEDON：预测的基础上

EFFECT : predicted substitution effect on the protein structure or function
影响：预测蛋白质的结构或功能上的替代效应

PolyPhen-2 classifiers :
PolyPhen-2分类：

PPH2CLASS : binary classifier outcome ("damaging" or "neutral")
PPH2CLASS：二元分类结果（“损害”或“中性”）

PPH2PROB : probability of the variation being dammaging
PPH2PROB：概率的变化正在dammaging

PPH2FPR : false positive rate at the pph2_prob level
PPH2FPR：虚假在pph2_prob级别的阳性率

PPH2TPR : true positive rate at the pph2_prob level
真正PPH2TPR：在pph2_prob水平阳性率

PPH2FDR : false discovery rate at the pph2_prob level
PPH2FDR：的pph2_prob水平虚假的发现率

UniProtKB-SwissProt derived protein sequence annotations :
的UniProtKB-SwissProt数据库源性蛋白质序列注解：

SITE : substitution SITE annotation
站点：替代站点注解

REGION : substitution REGION annotation
区域：替代区注解

PHAT : PHAT matrix element for substitution in the  TRANSMEM region
在跨膜区域PHAT的：PHAT的替代矩阵元素

Multiple sequence alignment scores :
多序列比对分数：

DSCORE : difference of PSIC scores for two aa variants  (Score1 - Score2)
DSCORE：两节AA变种PSIC分数差异（Score1  -  Score2）

SCORE1 : PSIC score for wild type aa residue (aa1)
SCORE1：野生型AA残留的PSIC得分（AA1）

SCORE2 : PSIC score for mutant aa residue (aa2)
SCORE2：突变AA残留的的PSIC得分（AA2）

NOBS : number of residues observed at the substitution position in the multiple alignment (sans gaps)
剂NOBS：观察在多个对齐的替代位置的残留物的数量（无缺口）

Protein 3D structure features :
蛋白质三维结构的特点：

NSTRUCT : initial number of BLAST hits to similar proteins with 3D structures in PDB
操作指示：类似的蛋白质三维结构初始高炉命中数在PDB

NFILT : number of 3D BLAST hits after identity threshold filtering
NFILT：三维高炉命中身份筛选阈值后

PDBID : protein structure identifier from PDB
PDBID：从PDB蛋白质结构标识

PDBPOS : position of substitution in PDB protein sequence
PDBPOS：替换在PDB蛋白质序列中的位置

PDBCH : PDB polypeptide chain identifier
PDBCH：PDB多肽链标识符

IDENT : sequence identity between query and aligned PDB sequences
IDENT查询和一致的PDB序列之间的同源性

LENGTH : PDB sequence alignment length
长度：PDB序列比对长度

NORMACC : normalized accessible surface
NORMACC：归可接近表面

SECSTR : DSSP secondary structure assignment
SECSTR：DSSP的二级结构分配

MAPREG : region of the phi-psi (Ramachandran) map derived from the residue dihedral angles
MAPREG：PHI-PSI（德兰）图来自残留二面角的区域

DVOL : change in residue side chain volume
DVOL：残留侧链体积变化

DPROP : change in solvent accessible surface propensity resulting from the substitution
DPROP：溶剂可及表面倾向的变化，从替代

BFACT : normalized B-factor (temperature factor) for the residue
BFACT：渣归B因子（温度系数）

HBONDS : number of hydrogen sidechain-sidechain and sidechain-mainchain bonds formed by the residue
所形成的残留物HBONDS：氢侧链侧链和侧链-mainchain债券的数量

AVENHET : average number of contacts with heteroatoms per residue
联系人AVENHET：平均每残留杂

MINDHET : closest contact with heteroatom
MINDHET：最亲密的接触与杂

AVENINT : average number of contacts with other chains per residue
联系人AVENINT：平均每残留等连锁

MINDINT : closest contact with other chain
MINDINT：最接近的接触与其他链

AVENSIT : average number of contacts with critical sites per residue
AVENSIT：平均每残留的关键部位接触

MINDSIT : closest contact with a critical site
MINDSIT：最亲密的接触与关键部位

Nucleotide sequence features (CpG/codon/exon junction) :
核苷酸序列特征（CPG /密码子/外显子交界处）：

TRANSV : whether substitution is a transversion
TRANSV：替代是否是1颠

CODPOS : position of the substitution within the codon
CODPOS：在密码子替代的位置

CPG : whether or not the substitution changes CpG context
中央政府：是否替换改变的CpG上下文

MINDJNC : substitution distance from exon/intron junction
MINDJNC：从外显子/内含子交界处替代距离

Pfam protein family :
PFAM蛋白家族：

PFAMHIT : Pfam identifier of the query protein
PFAMHIT：PFAM查询蛋白质的标识符

Substitution scores :
换人分数：

IDPMAX : maximum congruency of the mutant aa residue to all  sequences in multiple alignment
IDPMAX：在多序列比对所有序列的一致性突变AA残留的最大

IDPSNP : maximum congruency of the mutant aa residue to the sequence in alignment with the mutant residue
IDPSNP：对齐突变氨基酸残基序列的最大一致性突变残留

IDQMIN : query sequence identity with the closest homologue deviating from the wild type aa residue
IDQMIN：查询序列的身份与最接近的同源野生型AA残留偏离

Comments :
评论：

COMMENTS : Optional user comments
评论：可选用户评论


作者（S）----------Author(s)----------


Valerie Obenchain <vobencha@fhcrc.org>



参见----------See Also----------

?PolyPhenDb
?PolyPhenDb

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。