R语言 VariantAnnotation包 MatrixToSnpMatrix()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MatrixToSnpMatrix(VariantAnnotation)
MatrixToSnpMatrix()所属R语言包：VariantAnnotation

                                        Convert a matrix of genotype calls to a SnpMatrix object
                                         到SnpMatrix对象转换一个基因型通话矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Convert a matrix of genotype calls of format "x/x" to a SnpMatrix object.
转换矩阵基因型调用格式为“X / X”到SnpMatrix对象。


用法----------Usage----------


MatrixToSnpMatrix(callMatrix, ...)



参数----------Arguments----------

参数：callMatrix
A matrix of genotype calls to be converted to a SnpMatrix. The columns of the matrix should be samples and the rows the snps. The format of the calls is expected to be  character of the form "x/x" where "x" is an integer  value representing the major (reference) or minor (other) allele. Typically values will be 0 = major, 1 = minor.  
要求一个matrix基因型被转换到SnpMatrix的。 matrix列应该样品和行的SNPs。调用的格式是character的形式为“X / X”，其中“X”是一个整数值，代表主要（基准）或轻微（其他）等位基因。通常情况下，值将是0 =专业，1 =轻微。


参数：...
Additional arguments, passed to methods.  
额外的参数，传递给方法。


Details

详情----------Details----------

MatrixToSnpMatrix converts genotype calls of the form "x/x" to a SnpMatrix object. Values of "x" are expected to be integers >= 0. The calls are converted to values consistant with SnpMatrix where 0 = missing, 1 = homozygous major, 2 = heterozygous and  3 = homozygous minor.
MatrixToSnpMatrix转换的形式为“X / X”到SnpMatrix对象的基因型调用。 “X”值预计将整数> = 0。呼叫转换为SnpMatrix洽场值0 =人失踪，1 = 2 =主要合子，杂合子和3 =纯合子轻微。


值----------Value----------

The object returned is a SnpMatrix where the columns are snps and the rows are samples.  See the help page for SnpMatrix for complete details of the class structure.
返回的对象是一个SnpMatrix列单核苷酸多态性和行样品。类结构的完整细节，请参阅帮助SnpMatrix页。


作者（S）----------Author(s)----------


Valerie Obenchain <vobencha@fhcrc.org>



参见----------See Also----------

SnpMatrix
SnpMatrix


举例----------Examples----------



## import vcf file to SummarizedExperiment[＃导入vcf文件SummarizedExperiment]
vcfFile <- system.file("extdata", "ex1.vcf", package="VariantAnnotation")
se <- readVcf(vcfFile)

## genotype calls are stored in the assays slot[＃的基因型分型是存储在检测槽]
assays(se)
calls <- assays(se)$GT
snps <- MatrixToSnpMatrix(calls)

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