R语言 VariantAnnotation包 getTranscriptSeqs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getTranscriptSeqs(VariantAnnotation)
getTranscriptSeqs()所属R语言包：VariantAnnotation

                                        Get transcript sequences
                                         获取转录序列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Extract transcript sequences from a BSgenome object or  an FaFile.
从BSgenome对象或FaFile提取转录序列。


用法----------Usage----------


  ## S4 method for signature 'GRangesList,BSgenome'
getTranscriptSeqs(query, subject, ...)
  ## S4 method for signature 'GRangesList,FaFile'
getTranscriptSeqs(query, subject, ...)
  ## S4 method for signature 'GRanges,FaFile'
getTranscriptSeqs(query, subject, ...)



参数----------Arguments----------

参数：query
A GRangesList object containing exons or cds grouped by transcript.  
一个GRangesList对象，其中包含外显子或转录分组光盘。


参数：subject
A BSgenome object or a FaFile from which the sequences will be taken.  
一个BSgenome对象或从中序列将采取FaFile的。


参数：...
Additional arguments  
额外的参数


Details

详情----------Details----------

getTranscriptSeqs is a wrapper for the extractTranscriptsFromGenome and getSeq functions. The  purpose is to allow sequence extraction from either a BSgenome or FaFile. Transcript sequences are extracted based on the boundaries of the feature provided in the query (i.e., either exons or cds regions).
getTranscriptSeqs是extractTranscriptsFromGenome和getSeq功能的包装。其目的是为了使序列提取，无论是从BSgenome或FaFile。转录序列中提取根据query（即，无论是外显子或CD区域）提供的功能边界。


值----------Value----------

A DNAStringSet instance containing the sequences for all transcripts specified in query.
一个DNAStringSet实例含有query指定的所有成绩单序列。


作者（S）----------Author(s)----------


Valerie Obenchain



参见----------See Also----------

predictCoding extractTranscriptsFromGenome getSeq
predictCoding extractTranscriptsFromGenome getSeq


举例----------Examples----------


library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18)

txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene
cdsByTx <- cdsBy(txdb)
chr20 <- keepSeqlevels(cdsByTx, "chr20")

## BSgenome as sequence source[＃BSgenome序列源]
bsSource <- getTranscriptSeqs(chr20, Hsapiens)

## FASTA files as sequence source[＃FASTA格式的文件作为序列的来源]
## FIXME : get sample FASTA [＃FIXME：得到样品FASTA格式]
#fafile &lt;- FaFile(pathToFastaFile)[< -  FaFile fafile（pathToFastaFile）]
#faSource &lt;- getTranscriptSeqs(chr20, fafile)[faSource < -  getTranscriptSeqs（chr20，fafile）]

# identical(bsSource, faSource)[相同（bsSource，faSource）]


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