R语言 VanillaICE包 xypanel()函数中文帮助文档(中英文对照)

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xypanel(VanillaICE)
xypanel()所属R语言包：VanillaICE

                                        A panel function for plotting copy number versus physical position
                                         一个图拷贝数与物理位置的面板功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A panel function for xyplot for plotting copy number versus physical position.
一个xyplot图拷贝数与物理位置的面板功能。


用法----------Usage----------


xypanel(x, y, gt, is.snp, range, col.hom = "grey20", fill.hom =
"lightblue", col.het = "grey20", fill.het = "salmon", col.np = "grey20",
fill.np = "grey60", show.state=TRUE, ..., subscripts)



参数----------Arguments----------

参数：x
Physical position in megabases.
在碱基的物理位置。


参数：y
Copy number estimates.
复制数量的估计。


参数：gt
Genotype calls.
基因型分型。


参数：is.snp
Logical. Whether the marker is polymorphic.
逻辑。是否是多态的标记。


参数：range
A RangedData or IRanges object. Note that we expect the units returned by start and end to be basepairs.
一个RangedData或IRanges对象。请注意，我们期待start和end碱基返回单位。


参数：col.hom
A specification for the color of plotting symbols for homozygous genotypes.
图纯合子基因型的符号的颜色规范。


参数：fill.hom
A specification for the fill color of plotting symbols for homozygous genotypes.  
规范的纯合子基因型的符号绘制的填充颜色。


参数：col.het
A specification for the color of plotting symbols for heterozygous genotypes.  
绘制杂合子基因型的符号的颜色规范。


参数：fill.het
A specification for the fill color of plotting symbols for heterozygous genotypes.  
绘制杂合子基因型的符号填充颜色规格。


参数：col.np
A specification for the color of plotting symbols for nonpolymorphic markers.  
策划nonpolymorphic标志符号的颜色规范。


参数：fill.np
A specification for the fill color of plotting symbols for nonpolymorphic genotypes.  
策划nonpolymorphic基因型的符号填充颜色规范。


参数：show.state
Logical.  Whether to display the predicted state in each panel.
逻辑。是否显示在每个小组的预测状态。


参数：...
Additional arguments passed to lattice functions xyplot, lpoints, and lrect.  
额外的参数传递给晶格功能xyplot，lpoints，lrect。


参数：subscripts

Details

详情----------Details----------

The order of plotting is (1) nonpolymorphic markers, (2), homozygous SNPs, and (3) heterozygous SNPs. Stretches of homozygosity should appear as blue using the default color scheme.
策划的顺序是（1）nonpolymorphic标记，（2），纯合子的SNPs，（3）杂合子的SNPs。纯合舒展，应该使用默认的配色方案显示为蓝色。


注意----------Note----------

To make the drawing of the range object border invisible, one can use border="white".
使range对象边界无形的绘图，可以使用“白”的边界。


作者（S）----------Author(s)----------



R. Scharpf




参见----------See Also----------

xyplot
xyplot


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
if(require("crlmm")){
        data(cnSetExample, package="crlmm")
        cnSetExample <- order(cnSetExample)
        oligoSet <- as(cnSetExample, "oligoSnpSet")
        ## uses genotype emission probabilities[＃使用基因型发射概率]
        hmmOpts <- HmmOptionList(oligoSet, is.log=TRUE, ICE=FALSE)
        fit2 <- hmm(oligoSet, hmmOpts, use.baf=FALSE)
        xyplot(cn ~ x | range, data=oligoSet, range=fit2[1:10, ], frame=2e6,
               panel=xypanel, cex=0.3, pch=21, border="blue",
               scales=list(x="free"),
               col.hom="lightblue", col.het="salmon", col.np="grey60",
  fill.np="grey60")

library(lattice)
## now the generic for xyplot is masked.  Must do[＃现在通用xyplot，被屏蔽。必须做的]
xyplot <- VanillaICE:::xyplot

}


## End(Not run)[＃结束（不运行）]


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