twilight.pval(twilight)
twilight.pval()所属R语言包：twilight
Compute p-values from expression sets
P-值计算表达式设置
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A function to compute two-sample t, Z and fold change equivalent test statistics (paired or unpaired) and correlation coefficients. Based on permutations, expected test statistics as given in Tusher et al. (2001) and empirical p-values are computed. Additional output are q-values computed as given in Storey and Tibshirani (2003). The resulting object is of class twilight and can be passed to functions twilight or plot.twilight.
一个函数来计算两样本t，Z和倍等效的检验统计量的变化（成对或不成对）和相关系数。基于排列，预期的测试统计，截至在Tusher等。 （2001年）和经验p值计算。额外的输出q值计算层和Tibshirani（2003）。由此产生的对象是类的twilight“可以传递给函数twilight或plot.twilight。
用法----------Usage----------
twilight.pval(xin, yin, method = "fc", paired = FALSE, B = 1000, yperm = NULL, balance = FALSE, quant.ci = 0.95, s0=NULL, verbose = TRUE, filtering = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：xin
Either an expression set (ExpressionSet) or a data matrix with rows corresponding to features and columns corresponding to samples.
表达式集（ExpressionSet），或与相应样品的特点和列对应的行数据矩阵。
参数：yin
A numerical vector containing class labels. The higher label denotes the case, the lower label the control samples to test case vs. control. For correlation scores, yin can be any numerical vector of length equal to the number of samples.
数值向量类的标签。较高的标签表示的情况下，较低的标签控制样品测试的情况下与控制。相关分数，yin可以是任何长度等于样本数的数值向量。
参数：method
Character string: "fc" for fold change equivalent test (that is log ratio test), "t" for t-test, and "z" for Z-test. With "pearson" or "spearman", the test statistic is either Pearson's correlation coefficient or Spearman's rank correlation coefficient.
字符串："fc"倍等效试验（即log比试验），"t"t检验，"z"Z检验。 "pearson"或"spearman"，检验统计量，要么是Pearson相关系数或Spearman秩相关系数。
参数：paired
Logical value. Depends on whether the samples are paired. Ignored if method="pearson" or method="spearman".
逻辑值。取决于是否配对样本。如果method="pearson"或method="spearman"忽略。
参数：B
Numerical value specifying the number of permutations.
指定的排列数的数值。
参数：yperm
Optional matrix containing in each row a permutation of the class labels in binary(!) format for two-sample testing. For computation of correlation scores, the rows of yperm have to contain the appropriate values or ranks. Use this argument carefully! If yperm is specified, no other permutation will be done. Please note that the first row of yperm MUST be the input vector yin. Otherwise, the p-value calculation will be incorrect.
可选的矩阵包含在二进制类的标签（！）格式的排列每行两样本测试。相关分数的计算，行yperm必须包含适当的值或行列。小心使用此参数！如果yperm指定，没有其他的排列将得到伸张。请注意，第一行yperm必须是输入向量yin。否则，p值的计算将是不正确的。
参数：balance
Logical value. Depends on whether balanced or unbalanced permutations should be done. Ignored if method="pearson" or method="spearman".
逻辑值。取决于是否平衡或不平衡的排列应该做的。如果method="pearson"或method="spearman"忽略。
参数：quant.ci
Probability value for confidence lines. Lines are symmetric and denote the quant.ci-quantile of maximal absolute differences between each permutatin and the expected scores.
信心线的概率值。线是对称的，并表示最大绝对差异，彼此之间permutatin和预期的成绩quant.ci-位数。
参数：s0
Fudge factor for variance correction in the Z-test. Takes effect only if method="z". If s0=NULL: The fudge factor is set to the median of the pooled standard deviations.
在Z-测试校正方差忽悠因素。只有生效method="z"。如果s0=NULL：蒙混因素汇集的标准偏差的中位数。
参数：verbose
Logical value for message printing.
消息打印的逻辑值。
参数：filtering
Logical value for filtering for permutations of class labels that produce a set of complete null scores. Invokes function twilight.filtering. If yperm is specified, no filtering will be done. Note that the filtering is done on unbalanced permutations even if balance=TRUE.
过滤类的标签，产生了一套完整的空分数排列的逻辑值。调用函数twilight.filtering。如果yperm指定，不进行任何过滤，将得到伸张。请注意，过滤即使balance=TRUE对不平衡排列完成。
Details
详情----------Details----------
Please see vignette for detailed information.
有关详细信息，请参见暗角。
值----------Value----------
Returns a twilight object consisting of a data.frame named result with variables
返回twilightdata.frame名为result变量组成的对象
参数：observed
Observed test statistics.
观察测试统计。
参数：expected
Mean of order statistics of the permutation statistics.
平均顺序排列统计统计。
参数：candidate
Binary vector. "1" for observations exceeding the confidence lines.
二进制向量。 "1"超过了信心线的意见。
参数：pvalue
Empirical p-values from two-sided hypothesis tests.
实证p值从双面假设测试。
参数：qvalue
q-values computed as described in Storey and Tibshirani (2003).
q值计算层和Tibshirani（2003）所述。
参数：index
Index of the original ordering.
指数原来的顺序。
Values are sorted by absolute observed scores.
绝对observed得分值进行排序。
注意----------Note----------
Additional output consists of
额外的输出由
The remaining slots are left free for function twilight.
其余插槽左功能twilight。
作者（S）----------Author(s)----------
Stefanie Scheid <a href="http://www.molgen.mpg.de/~scheid">http://www.molgen.mpg.de/~scheid</a>
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
twilight, plot.twilight, twilight.combi, twilight.filtering, expval, twilight.teststat
twilight，plot.twilight，twilight.combi，twilight.filtering，expval，twilight.teststat
举例----------Examples----------
### twilight object created from Golub data set[＃黄昏戈卢布数据集对象]
data(expval)
print(expval)
plot(expval)
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 15:52:12
