R语言 twilight包 plot.twilight()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot.twilight(twilight)
plot.twilight()所属R语言包：twilight

                                         Plot function for twilight objects
                                         暮色对象的绘图功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Interface to plotting of twilight objects. Produces one of five possible plots.
twilight对象绘图接口。生产的五种可能的图之一。


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：x
An object of class twilight.  
黄昏类的对象。


参数：which
A character string specifying the plot to be made.  
要作出一个字符串指定的图。


参数：grayscale
Logical value. Specifying whether plots should be colored or grayscaled. Only necessary for "scores" and "fdr".  
逻辑值。指定是否图应着色或grayscaled的。只有必要的“分数”和“FDR”。


参数：legend
Logical value. Produces a legend for "scores" and "effectsize". A legend for "fdr" is only available if bootstrap estimates exist.  
逻辑值。生产的“分数”和“effectsize”的传说。传说“FDR”是唯一可用的，如果存在的bootstrap估计。


参数：...
Additional graphical arguments.  
额外的图形参数。


Details

详情----------Details----------

Option which="scores" plots the expected versus the observed test statistics and draws confidence lines calculated from permutations. This plot is similar to plots in Tusher et al. (2001).
选项which="scores"图预计与观测试验统计，并绘制从排列计算的信心线。此图是类似，在Tusher等图。 （2001年）。

Option which="qvalues" plots q-values versus the number of rejected hypotheses.
选项which="qvalues"图q值与拒绝假设。

Option which="fdr" plots p-values versus 1 - local false discovery rate, that is the conditional probability of being significant given the corresponding p-value, plus bootstrap estimates if computed. Bottom ticks are 1%-quantiles of p-values.
选项which="fdr"图p值比1  - 本地虚假的发现率，这是显著，给予相应的p价值，再加上引导如果计算机估计的条件概率。底部刻度线p值的1％位数。

Option which="volcano" results in the volcano plot, that is observed score versus 1 - local false discovery rate. Bottom ticks are 1%-quantiles of scores.
选项which="volcano"结果在火山图，即观察分数与1  - 本地虚假发现率。底部的刻度是1％的分数位数。

Option which="effectsize" plots the observed fold change equivalent score distribution overlaid by the estimated effect size distribution, that is distribution of scores under the alternative. This plot is only available if function twilight.pval was applied with method="fc" as fold change equivalent scores are computed from log ratios.
选项which="effectsize"图变化的观察倍相当于得分分布估计影响大小分布，是替代下的分数分布覆盖。如果函数twilight.pval与method="fc"应用倍的变化相当于分数从log率计算，该图是唯一可用的。

Option which="table" tabulates histogram "effectsize".
选项which="table"列表直方图"effectsize"。


值----------Value----------

No value is returned except for "table".
没有返回值“表”除外。


作者（S）----------Author(s)----------


Stefanie Scheid <a href="http://www.molgen.mpg.de/~scheid">http://www.molgen.mpg.de/~scheid</a>



参考文献----------References----------






参见----------See Also----------

twilight.pval, twilight
twilight.pval，twilight


举例----------Examples----------


### contains a twilight object created by function twilight[＃包含一个黄昏对象创建功能暮色]
data(exfdr)
plot(exfdr)

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