R语言 tweeDEseq包 normalizeCounts()函数中文帮助文档(中英文对照)

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normalizeCounts(tweeDEseq)
normalizeCounts()所属R语言包：tweeDEseq

                                         Count data normalization
                                         统计数据规范化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Normalize count data to remove systematic technical effects.
规范化计数数据删除系统的技术效果。


用法----------Usage----------


normalizeCounts(counts, group, common.disp = FALSE, prior.n=1)



参数----------Arguments----------

参数：counts
numeric data.frame or matrix containing the count data.  
数值数据框或矩阵包含计数数据。


参数：group
vector giving the experimental group/condition for each sample/library.  
向量的实验组，每个样品/库/条件。


参数：common.disp
logical indicating whether a common or tagwise (default) dispersions should be estimated and employed when adjusting counts.  
逻辑表明一个共同的或tagwise（默认）分散是否调整数时，应估计和就业。


参数：prior.n
argument provided to the call of estimateTagwiseDisp which defines the amount of shrinkage of the estimated tagwise dispersions to the common one. By default prior.n=1 thus assumming no shrinkage toward that common dispersion. This argument is not used if common.disp=TRUE.  
参数提供了estimateTagwiseDisp共同定义的的估计tagwise分散的收缩量的号召。默认情况下，prior.n=1从而assumming朝着这个共同的分散无收缩。如果common.disp=TRUE这种说法是不使用。


Details

详情----------Details----------

This function aims at removing systematic technical effects from raw counts by using normalization procedures available in the edgeR package. In particular, the TMM method described in Robinson and Oshlack (2010) is employed to calculate normalization factors which are applied to estimate effective library sizes, then common and tagwise (only when the argument common.disp=TRUE) dispersions are calculated and finally counts are adjusted so that library sizes are approximately equal for the given dispersion values.
此功能旨在消除从原材料计数使用edgeR包标准化过程中的系统的技术效果。尤其是在罗宾逊和Oshlack的（2010）描述TMM的方法是计算标准化因素，它们可被用于估计有效库的大小，然后共同和tagwise（只有当参数common.disp=TRUE）分散的计算，最后计算调整，使库大小的色散值约等于。


值----------Value----------

A matrix of normalized counts.
一个矩阵归计数。


作者（S）----------Author(s)----------



J.R. Gonzalez and R. Castelo




参考文献----------References----------

differential expression analysis of RNA-seq data. Genome Biol, 11:R25, 2010.

参见----------See Also----------

filterCounts
filterCounts


举例----------Examples----------


# Generate a random matrix of counts[生成一个随机数矩阵]
counts <- matrix(rPT(n=1000, a=0.5, mu=10, D=5), ncol = 40)

colSums(counts)
counts[1:5, 1:5]

# Normalize counts[标准化计数]
normCounts <- normalizeCounts(counts, rep(c(1,2), 20))

colSums(normCounts)
normCounts[1:5, 1:5]

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